作者sylvialalala (sylvia)
看板Biotech
标题[求救] 用REAL-TIME PCR侦测CNV
时间Thu Mar 27 21:47:09 2014
不晓得有没有人用过real-time pcr detect CNV (copy number variances)
目前是用sybr green (taqman太贵无法负担)
但是疑似是one copy的gene有variation
ex. reference gene 4倍dilution: Ct-19, 21, 23
target gene 4倍dilution: Ct-19.03, 21.03, 23.03
老板argue说为什麽有variation
去看别的Paper
大部分的paper都只有看efficiency(看斜率)还有R2,
有些有提到测试不同浓度的primer (100nM-900nM),取最低的Ct还有斜率最好的直线
可是我今天试了不同浓度primer (200-900nM), 有的primer自己会差到一个cycle
想请问有做过cnv的大家都怎麽解决variation的问题
谢谢!!
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1F：推 jabari:改用饱和萤光试试 去跟biorad要eva green试 03/29 07:08
2F：→ jabari:因为用sybr当low或high CT时不一定能代表copy number. eff 03/29 07:09
3F：→ jabari:不会接近2 用饱和萤光的话初始变化较明显 03/29 07:10