作者apple23418 (apple)
看板Biotech
标题[讨论]如何分析miRNA microRNA array的data
时间Sun Mar 30 16:56:26 2014
老实说这个问题我不知道问出来会不会很奇怪,因此做好被嘲笑的心理准备来发这篇!
这个问题是我突然想到的!
我们在基因的microarray的时後譬如说我们跑两组一组是控制组一组是实验组,然比较
实验组相较於控制组有变化的基因!
然後在基因的microarray我们可以分析说这全表现量的基因是跟哪几条signal
transduction 有关! 例如用 metacore or David
那在microRNA的研究上不知道有没有类似的程式或是DATABASE可以做到这件事?
不好意思,麻烦帮小弟解惑一下!
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1F：推 qiet:就我印象好像没看过有类似的东西，毕竟每个microRNA都可以hit 03/30 17:31
2F：→ qiet:到多个不同的pathway(甚至是相反功能的)，在每个不同cell typ 03/30 17:32
3F：→ qiet:e的状况也不同，和protein expression的状况不太一样 03/30 17:34
4F：→ apple23418:那请问一下大家都是怎麽在茫茫ARRAY中挑到要study 的mi 03/30 17:39
5F：→ apple23418:RNA 03/30 17:40
6F：推 huuban:从表现量或是有兴趣的pathway开始 03/30 19:37
7F：推 aceliang:GSEA 03/31 01:07
8F：推 jeffsu:我们找厂商跑的 可以直接要求厂商帮忙分类 03/31 12:11
9F：推 lingon:miRNA array->DE miRNA-> miRNA target gene -> GSEA 04/01 00:08