作者microball (无华之果)
看板Biotech
标题Re: [求救] PCR primer带有GGC重覆的序列
时间Mon Apr 21 05:19:07 2014
※ 引述《MDCCLXXVI (1776)》之铭言:
: 最近要在一段蛋白质前面加上GGGGS四重覆的linker
: 所以5' primer带有下面的序列:
: ggcggcggcggcagcggcggcggcggcagcggcggcggcggcagc
这种 tandem repeats 在 PCR 或一般 DNA 复制本身就容易有 insertion/deletion 突变
所以我建议,既然你关心的只是 amino acid 序列,
Glycine 可以有不同的 coding 方式,不要都用 ggc
这样就能避免 tandem repeats 造成的突变
: 但将PCR(用phusion polymerase,band很乾净)产物clone定序後,
: 发现在linker中的序列有deletion(少10几个mer)
: 因为不同clone的deletion都不一样,所以应该不是primer合错了
: 想过是不是GC-rich造成的二级结构所影响
: 所以打算用下面的方式试试看
: 1. 用phusion polymerase GC buffer for GC-rich template
: 或
: 2. 加DMSO
: 请问有人有类似的经验吗?
: thx~
这种 tandem repeats 的突变,跟点突变不同,不容易避免
加 GC buffer 可能会让 PCR 产量增加,但正确率不一定会提升
至少我们实验室做过 AC- repeats 序列的实验,加 GC buffer 影响不大
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也许有一天,我们会很有默契的知道,
该各自往人生的路走下去,尽管舍不得对方的陪伴。
又也许,那一天一直不会来到,
那我们就拥有童话般的结局──永远在一起了。
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1F:→ blence:推第一个做法,FLAG的DDDDK与6*His就不会只用同一种codon 04/21 09:20