作者silverberry (平行线上的交集....)
看板Biotech
标题[求救] 第二代 Lenti packing system 质体纯化
时间Wed Jun 4 05:07:40 2014
最近新手上路 lentivirus transfection 做 iPS
接到的第一个任务是准备 packing 用的载体 psPAX2 和 pMD2.G
https://www.addgene.org/mammalianrnai/Packaging/
2nd generation system deposited by the Trono lab
实验室的学妹之前纯化这两个载体,
是从 -80 glycerol cell stock (stbl3 strain) 养小量 0.5 mL 半天,
然後傍晚放大到 200 mL overnight 到隔天,
用 Qiagen 的 Hispeed midiprep 纯化,
最後分别得到 ~25 和 100 ug 的载体。
远远不够接下来的实验需要。
(实验室用的比例是 15 ug psPAX2 + 5 ug pMD2.G + 30 ug pLOVE-gene into 1 plate
至少要 8 个 plate)
我怀疑是 glycerol cell stock 不行了,
所以新 transform 的 colony 养小量然後放大成 400 mL,
隔天把 400 mL 的 culture 分成两部分,
其中的 5 mL 用 Qiagen 的 Miniprep 抽成 50 uL plasmid;
剩下的用 Hispeed midiprep 纯化成 1 mL。
结果 5 mL 分别抽出 ~100 ug 和 ~37 ug 的 psPAX2 和 pMD2.G
但是 midi 只抽出 ~23.5 ug和 ~95 ug 的 psPAX2 和 pMD2.G (定量都是用 nanodrop)
Miniprep 的 column 理论上是 20 ug 的 binding capacity,
而 hispeed 是 200 ug。
不管怎麽算都很觉得有点奇怪。
三天後,我用新转的 colony 重新养小量 30 mL,
用 miniprep 重抽一次 (分成 6 管),
结果分别得到 ~20 ug 和 ~50 ug 的 psPAX2 和 pMD2.G
到这里,实在卡关了,
Addgene 上面说这个载体是 high copy,
根据 QIAGEN 的说法,理论上会有 3-5 ug DNA/ml LB culture。
看看自己这几次的操作,
只有新鲜 transform 的那天的 5 mL 抽出理想的量,
其他都远低於理论产量。
请问版上的大家,
我该怎麽改善我的步骤才能得到合理量的载体?
先谢过大家 m(_ _)m
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1F:→ grox:感觉是Midiprep kit/抽取问题...常抽这些plasmid也没原po情况 06/04 07:25
2F:→ roy047:该midi抽其他plasmid正常吗? 06/04 08:07
3F:→ silverberry:midi 抽 pLOVE 产量大约是 mini 的一半到七成 06/04 09:26
4F:→ silverberry:除了这些载体以外,其他载体很少需要这麽多, 06/04 09:28
5F:→ silverberry:所以也没有比较的依据。 06/04 09:28
6F:→ silverberry:可以请问 grox 大那个小飞碟 elute isopropanol 沉淀 06/04 09:30
7F:→ silverberry:DNA, 有没有什麽需要注意的技巧? 06/04 09:32
8F:→ silverberry:不过 kit 也快用完了,看看换新的 kit 会不会有差! 06/04 09:34
9F:→ silverberry:感谢^^ 06/04 09:34
10F:→ grox:加完三种buffer变蛋花汤後离心, 取上清液时个人习惯用滤纸过 06/04 09:35
11F:→ grox:滤...不能让渣渣掉到column内, 不然会塞住, elution时DNA变少 06/04 09:36
12F:→ grox:Isopropanol加进去离之前要轻轻震荡破坏分层再离...离完应该 06/04 09:37
13F:→ grox:看得到pellet, 小心不要lost....目前想到大概这些吧 06/04 09:37
14F:→ grox:因为Midi相较於Mini容易有些小地方导致失败, 所以要注意 06/04 09:38
15F:→ silverberry:感谢 grox 大! 我会注意这些细节再试试看~ m(_ _)m 06/04 11:10
16F:推 chaunen:应该不用stbl3吧? 可以用尼龙网筛滤渣(40 70 100um随便) 06/09 14:23
17F:推 chaunen:用完洗过 泡盐酸1N 灭菌 可重复用 06/09 14:24
18F:推 chaunen:我只有pLKO用stbl3 packing用的8.91 MD.G 都用一般 06/09 14:27
19F:推 chaunen:3种buffer加完可以on ice shack 30mins ~100rpm 06/09 14:32
20F:→ chaunen:渣渣最好变成蛋花汤 不是蛋包汤 lysis不完全产量低很多 06/09 14:35
21F:→ chaunen:三种buffer加多一点 10ml>15ml for 1.5g pellet 湿重 06/09 14:39
22F:推 chaunen:400ml菌液应该够抽2个maxi了吧 06/09 14:45
23F:→ chaunen:堤外,有没有推荐的endo-free mini kit? 做transfection用 06/09 14:47
24F:→ silverberry:感谢 c 大,pMD2.G 和 psPAX2 我们是用 DH5 alpha 06/11 12:01
25F:→ silverberry:只有 LTR 的用 stbl3。 06/11 12:01
26F:→ silverberry:我们 transfection 用的也是 qiagen 的,最近我刚要 06/11 12:02
27F:→ silverberry:测试 Zymo 和 invitrogen。 06/11 12:03
28F:→ silverberry:看看好不好用再跟大家分享 06/11 12:04