作者kuochuwon (黑轮桑~ YO)
看板Biotech
标题[求救] 如何证明我clone的promoter是对的
时间Thu Jun 26 23:51:01 2014
各位版友好,想请问有关promoter prediction的问题
爬过版上许多和promoter有关的文和相关paper
都无法顺利解决我的疑问
最近教授给我一个工作,是要从zebrafish genome中找出sox2的promoter sequence
再将这些sequence後面加上GFP送入zebrafish embryo表现
目前我从NCBI取得zebrafish sox2 gene full sequence後
推测promoter应在转录起始点ATG前面数kb的区段
我的问题是
1.目前我的作法都正确吗(也才做一步 冏)
2.我该如何证明我复制出来的sequence就是我要的sox2 promoter sequence呢
或是该进行何种实验,用何种理论说服
因为学长质疑就算我复制出来,然後打入斑马鱼细胞也有萤光
我要怎样证明它不是其他基因的产物
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1F：推 firstfrost:NCBI都有序列了...还质疑你? 你复制出来的序promoter序 06/27 00:09
2F：→ firstfrost:列拿去定序之後再比对NCBI database 06/27 00:10
3F：→ firstfrost:如果序列一样会有人说你错吗? 06/27 00:11
4F：→ firstfrost:话说本来斑马鱼本身的基因就不会产生萤光 加入control 06/27 00:12
5F：→ firstfrost:vector 和有promoter的plasmid一比较 不就好了 06/27 00:13
6F：→ kuochuwon:感谢回应,我记得我学长问的其中一个问题,是我复制出来的 06/27 00:15
7F：→ kuochuwon:sox2的upstream sequence有可能是前面基因的downstream 06/27 00:16
8F：→ kuochuwon:sequence 06/27 00:16
9F：推 firstfrost:我的认知是真核细胞promoter的位置在DNA序列中离基因序 06/27 00:29
10F：→ firstfrost:列不会太远 Activator或Enhancer的序列才会离基因序列 06/27 00:31
11F：→ firstfrost:远一点 06/27 00:31
12F：→ kuochuwon:好的谢谢~ 也希望有人可以给更多意见 06/27 00:33
13F：→ firstfrost:所以我认为SOX-2基因upstream的DNA序列应该就是SOX-2 06/27 00:33
14F：→ firstfrost:专属的promoter序列 06/27 00:34
15F：→ blence:楼上说的不完全是，尤其是像这样选超过一定长度的seq 06/27 00:36
16F：→ blence:我们手上的例子，一个gene上游的promoter,也是是前个gene 06/27 00:37
17F：→ blence:的downstream enhancer 06/27 00:38
18F：→ blence:我觉得要看你的实验目的，单一这篇文章,只要把研究目的修成 06/27 00:39
19F：→ blence:探讨这段upstream seq的transactivated activity就没问题了 06/27 00:40
20F：→ blence:另外paper有时也会用putative sox2 prom seq来描述这段序列 06/27 00:43
21F：推 firstfrost:所以就要做promoter seq 的deletion...听起来就好累 06/27 00:43
22F：→ kuochuwon:first大 你说的方法是筛选出真正sox2 promoter的方法吗 06/27 00:54
23F：→ kuochuwon:我是这方面的新手,毕业後暑假刚进实验室,这方面资料会 06/27 00:57
24F：→ kuochuwon:不会很难找阿@@ 06/27 00:57
25F：推 huuban:我也碰过往上游走结果直接撞到前一个基因的~xDD 06/27 01:47
26F：推 rsggsr:为什麽不试试BAC? 07/02 13:40
27F：→ xxtomnyxx:first 说的应该是 clone 一大段可能的 promoter 序列， 07/02 18:36
28F：→ xxtomnyxx:然後阶段的从 5' 端把序列缩短，看减到哪里基因不表现， 07/02 18:37
29F：→ xxtomnyxx:就表示减掉的序列里有调控 sox2 表现的重要序列。 07/02 18:38