※ 引述《a7225463 (明智)》之铭言： : 期刊名称：Acetylation of Snail Modulates the Cytokinome of Cancer Cells to Enh : ance the Recruitment of Macrophages : 第一作者 出版年分： : Hsu DS. 2014 Oct 13;26(4):534-48. : 文献网址： : http://www.cell.com/cancer-cell/abstract/S1535-6108(14)00365-1 : 大致内容： : 早先我们知道Snail可作为repressor抑制E-cadherin表现而促使EMT的产生。本篇作者讨 : 论说Snail 也可藉由被CBP/p300 acetylation来promote target genes的transactivatio : n : 其中有一类target genes是cytokine genes，而cytokine genes有很多，在paper中小弟 : 我不懂为何用ingenuitypathway analysis(IPA)可缩小genes的观察范围（差不多在figur : e5E处有提到），以及在supplementary中fig S4B如何判读使作者直接认为TNFalpha ,CCL : 2 andCCL5它们在Snail所调控的cytokine中是最重要的呢？而上面明明还有IL-8却不看它 : 呢？ : 小弟学识浅薄 还请各位大大赐教 : 如有认知上错误的 小弟先说声抱歉 : 谢谢大家！！ 其实你的问题都是在问IPA，同时也是这篇paper也很少着墨的地方，你只要弄懂IPA就全部看懂了。 简单的说，作者将晶片的数据资料做整理，上传至IPA分析，IPA有个功能叫network analysis，它会将你的晶片表现资料与IKB资料库做交叉比对及运算，出来的结果会呈现很多network，例如chemokine, heart disease, tumor等等，每个network又会以score高至低排序，此顺序代表晶片基因表现资料所可能正在进行的network。图S4A就是一个network，其中红色的代表此基因大量的正向表现，如此而已。 拉回来，作者就是用这样的方式将庞大的基因表现资料缩小到只有那个network，再只看那三个基因。 这里问题就出现了，他们爲什麽只做那三个而没挑IL8，它也是红色的啊。作者在讨论里面说因为他们比较中间，这根本呼弄的，图里面每个基因每个图每条线都是可以自由移动的，在中间只是因为这些基因在该network里连结比较多，所以软体在layout的时候会自动将他们置於中央减少线条混杂的困扰。 我想他们选的原因在於，这个network的排序很前面，可能性很高。而该network中大量表现的基因有四，为何不选IL8在讨论的地方有讲到，他们只要分析chemokine就能解释IL8，在TAM那边。 大致上就是这样，文章的部分太多资讯了我没有看齐全，如果有错麻烦指正。IPA的部分不懂我可以再补充。 --

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