作者polomi (polomi)
标题Re: [求救] 有关PCR的问题
时间Thu Feb 12 09:40:33 2015
※ 引述《licat (licat)》之铭言:
: 不好意思因为资讯太少,我想问一些问题便於判断
: 请问想去除的片段长度多大?
去除的片段长度约为450 bp,
而使用插入取代的抗性片段约为1.6 KB。
: : 是对genomic DNA上的目标基因利用一段具有抗生素抗性基因做取代。
: 请问是甚麽抗生素基因?使用的互换机制是?
利用kanamycin 15ug/ml,
互换的机制是同源重组交换的方式。
有一个大陆的网站写得满浅显易懂的,
http://www.yrbio.com/service/red-et-recombination-technology
主要的参考是这篇paper
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10829079
: (抗生素基因是带在质体上?或着你送入的是线状DNA?)
: 然後你应该是使用在抗生素盘上长出来的菌落去抽DNA、做後续PCR吧?
送入的抗性基因是线状的DNA,
主要设计是在取代用的抗kanamycin基因序列前後,
各加上目标取代位置前後各50bp送入。
主要送入方式都是以电穿孔的方式。
因主要表现重组蛋白的质体为温度敏感型,
过程中都有注意培养的温度是否有低於30度。
: : 是不是要再另外购买什麽或是连络厂商才能打开机器的权限?
: 我觉得不像是PCR或抽DNA的问题,
: 因为你的control反应很专一,这种PCR你沾一点菌落或菌液直接当模板都做得出来
:
: 所以你没夹出来,我觉得比较可能是
: 1. 那些长出来的菌落是污染的杂菌,没有你primer可认得的序列
: (如果你提供详细实验流程跟结果:
那个我有取只含有重组蛋白质体的菌来pcr过,
用原本的primer表现,
的确原本的片段长度约为1KB左右。
应该可以初步排除杂菌的可能性。
还未定序过,也有可能是其他的杂菌。
: 像是怎麽送入DNA?涂盘後生长菌落数?会比较好判断)
都是使用电穿孔的方式,
恩我用附图的方式可以吗?
http://ppt.cc/5iBm
请原谅我必须删掉我的目标序列名称。
: 2. 那些菌落都是insertion mutants,然後你primer座落的位置被互换掉了
: (这得看primer座落位置跟整个互换的设计)
阿~~~
希望不要阿。
我连发票都是一整年顶多中一张200的机会啊 QAQ
: 3. 那些菌落都是insertion mutants,primer也没错,
: 但PCR反应没有强到可以夹出2 KB大小,所以你可以:
: (1) 将annealing降到50,没出来再降到45,再没出来就放弃
: (2) 换别的厂牌的taq,直接测试50跟45度annealing
: (3) 重新设计其他primer
:
其实原先主要的annealing温度为58度,
现在有尝试过,
50 55 58 60 62 64,
主要都是30秒。
也有尝试着加入DMSO,
其结果如下图:
http://ppt.cc/C99u
: 我想你可以先测试上述的PCR条件,
: 希望你annealing温度一降就夹出来,问题解决~
: 祝实验顺利
感谢您,
我会先尝试着降低温度试试看~
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1F:→ polomi: 片段的GC值 约为57% 02/12 11:03
2F:→ Invec: kanamycin浓度拉高一点看发生同源重组的菌落会不会少一点 02/12 17:09