作者polomi (polomi)
标题Re: [求救] 有关PCR的问题
时间Fri Feb 13 10:34:09 2015
不好意思,
打扰了~~
其实我是使用这个KIT组
Ecoli Gene Deletion Kit
http://www.genebridges.com/products/quick-easy-e-coli-gene-deletion-kit
※ 引述《lchd (...)》之铭言:
: 最近也用过这个方法,做了几个KO strain
: 应该可以给你一些建议
: 看起来primer ok, 我觉得不是PCR的问题,而是没有成功的菌落产生
: 且如板友所说genomic DNA萃取可能也有问题,
: 不过我认为还是把心力花在提高成功率吧
: 我觉得你可以从几个方向着手修改试试看
: 1.送进去的DNA浓度 : 看你之前的文章,似乎在切胶纯化的时候就已经浓度不高了
: 可以的话尽量让纯化出来的浓度约50-100ng/ul,成功率会较高
因为之前一直无法成功P出所想要的序列,
所以就直接向厂商订做了所需要的取代序列。
在订做前,也有向kit的原厂询问相关序列的设计问题。
原厂表示序列的设计方式没有错误。
每次实验添加1.5 ul 约为350ng的量。
: 2.Kanamycin plate : 有版友提到,可以试着提高一下plate的浓度,
: 就我的经验 15ug/ml太低了
之前有提高到大约30ug/ml,
主要是挑菌後筛选的。
: 你也可以把现在挑到的菌用LB+Kanamycin 液体培养一天看看,
: 测试是不是真的有抗K
现在做的大多是挑clon後液态培养一晚,
在抽genomic DNA做PCR。
: 3.Control 有做吗?: 没有电DNA的菌,跟实验组等量涂在你的15ug/mL k plate上
: 如果也长很多的话,那就不用继续P下去了
有利用原厂附的比较菌种做测试,
原始菌种也有测试过不带任何抗性。
: 4.查一下colony PCR吧,比较快也可以多筛几颗菌落,不需要抽完genomic DNA才做PCR
小弟大盖已经挑了20颗以上,
想请问clony PCR的温度时间是否要再提高?
: 5.几个杂项,arabinose有加吗?,competent cell浓度够吗?电完菌的recover 时间?
确定添加50 μl 10 % L-arabinose
每次电穿孔前有先测量OD600 约为0.5
培养了4小时的时间。
: 加油,祝你好运
最近有更改一下PCR的条件,
第一步,
94度 5分钟。
第二步,
94度, 30秒。
56度, 60秒。
68度, 2分30秒。
第三部,
68度, 7分钟。
然後试了两家不同的polymerase。
这是这次的结果。
http://ppt.cc/utTT
在2~3K位置似乎有些band出现了。
(希望不是错觉。 我想过个好年阿 QAQ...)
最前面那两管是我取原本的未经任何修饰的菌种做PCR的尝试,
请问是否有方法可以提高专一度?
感谢各位大大了
也感谢大家给的建议~~
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