作者Ianthegood (杂碎。)
看板Biotech
标题Re: [求救] 有关PCR的问题
时间Fri Feb 13 10:35:10 2015
脑补
默默的觉得你的vector可能有一个点换错地方了XD
chromosome被重组
所以有抗性 但是p不出来
可以多用几组primer交叉测试一下
或是看一下crossover的点有没有办法在genome里面blast到其他东西
然後mycycler好像要升级才能用gradient
问问你们经销商吧
※ 引述《licat (licat)》之铭言:
: ※ 引述《polomi (polomi)》之铭言:
: : 去除的片段长度约为450 bp,
: : 而使用插入取代的抗性片段约为1.6 KB。
: 那你原本设计用来确认重组状况的primer,离置换位置有段距离
: 会让PCR困难度变高,可以考虑设计得近一点
: (不过看你PCR的图,这应该不是做不出来的主因)
: : 利用kanamycin 15ug/ml,
: : 互换的机制是同源重组交换的方式。
: : 有一个大陆的网站写得满浅显易懂的,
: : http://www.yrbio.com/service/red-et-recombination-technology
: : 主要的参考是这篇paper
: : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10829079
: 我用过这个系统,跟其他互换系统相比没那麽顺利
: 虽然看起来很简单但不容易除错,DNA电进去後都不知道出了啥事
: 如果你能找到用得很顺的人,建议直接跟他请教
: 如果周围没有,而你又是作E. coli,我觉得你换用SacB系统做还比较好
: : 各加上目标取代位置前後各50bp送入。
: : 主要送入方式都是以电穿孔的方式。
: :
: : 因主要表现重组蛋白的质体为温度敏感型,
: : 过程中都有注意培养的温度是否有低於30度。
: : 那个我有取只含有重组蛋白质体的菌来pcr过,
: : 用原本的primer表现,
: : 的确原本的片段长度约为1KB左右。
: : 应该可以初步排除杂菌的可能性。
: 以上所述是无法排除的啦
: 但我猜那些菌落还是你的E. coli,而且有发生重组所以才有Km抗性,
: 然後你的PCR也才会变成作不出来
: 只是重组方式跟原本预期的不一样...
: : 恩我用附图的方式可以吗?
: : http://ppt.cc/5iBm
: : 请原谅我必须删掉我的目标序列名称。
: :
: : 阿~~~
: : 希望不要阿。
: : 我连发票都是一整年顶多中一张200的机会啊 QAQ
: 这跟机率无关,你应该找有经验的人帮你看一下整个互换设计跟引子位置是否正确
: :
: : 其实原先主要的annealing温度为58度,
: : 现在有尝试过,
: : 50 55 58 60 62 64,
: : 主要都是30秒。
: : 也有尝试着加入DMSO,
: : 其结果如下图:
: : http://ppt.cc/C99u
: : 感谢您,
: : 我会先尝试着降低温度试试看~
: 嗯...多了解後,我觉得改PCR条件的成功机率不高,但还是祝你好运
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1F:推 polomi: 谢谢您~~我已经跟经销商联络 需要升级软体才可以梯度PCR 02/14 13:21
2F:→ polomi: 以及请问如果目标序列GC大约在57%会算很高吗? 如何改善? 02/14 13:22
3F:→ Ianthegood: 不算 02/14 14:53