作者WinnieDad (小熊维尼的天才老爹)
看板Biotech
标题请问收到定序结果档案後…
时间Fri Feb 13 14:04:05 2015
请教各位先进，一般你们收到定序的结果档案後（.abi档及.txt档），会自己再
用如VectorNTI的软体读.abi档後重组出contig（假设每个PCR产物样本都做forward
及reverse两端定序），还是就信了厂商那边机器读出来的序列，直接拿.txt里的
序列去作後续分析？我个人通常是会用软体自行重组，看着chromatogram过滤掉
低QV的位置或是人脑判读forward和reverse组合起来不同的点的序列等等。因为
目前需要做的多为phylogenetic analysis和族群基因分析，很怕几个位置若是厂
商的机器判读错误，会影响最後的亲缘关系图。不过这样做法耗神耗时，所以才
想请教各位的作法如何？谢谢。
--
※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc), 来自: 203.64.245.139
※ 文章网址: https://webptt.com/cn.aspx?n=bbs/Biotech/M.1423807448.A.B6F.html
1F：推 jabari: 肉眼align QwQ 02/13 15:34
2F：推 jabari: 题外话 量大的话不打算设计个HRM直接看吗? 02/13 15:41
3F：→ WinnieDad: HRM的结果能用来画phylogenetic tree或做population 02/13 15:47
4F：→ WinnieDad: genetic analysis吗？ 02/13 15:47
5F：推 jabari: 嗯...如果要作到tree的话不行.. snp倒行 02/13 16:53
6F：推 jabari: 应该说看你的片段variant有多少 如果不是snp等级 而是inde 02/13 16:55
7F：→ jabari: l或是repeat. 那只能乖乖比对... 而且如果你的序列有含het 02/13 16:55
8F：→ jabari: erozygote的部份 更只能乖乖看ab1.. 02/13 16:55
9F：→ jabari: 之前我们lab有这样确认过怪怪的indel跟substrains orz 02/13 16:56
10F：→ jabari: 不过呢...真的别相信txt档啊... 一定得回去看ab1(还是abi? 02/13 16:58
11F：→ jabari: ?) 02/13 16:58