作者yayayoyi (drip brew)
看板Biotech
标题[讨论] NGS中的 "depth"
时间Sun Mar 22 14:17:56 2015
大家好
在看"Single-base resolution analysis of active DNA demethylation using
methylase-assisted bisulfite sequencing" 这篇paper
期刊: Nature Biotechnology (p.1231~p.1243)
是epigenetic的相关文章
其中看到定序的"depth"
我看不太懂
假如我用high-throughput sequencing
然後又说 sequenced to an average depth of 238X and 307X per cytosine
我实在不懂这depth是什麽意思以及所影响的是...?
这个"depth" 变多或变少又有什麽影响呢?
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc), 来自: 111.251.112.120
※ 文章网址: https://webptt.com/cn.aspx?n=bbs/Biotech/M.1427005079.A.096.html
1F：推 Ianthegood: 序列cover总chromosome/transcriptome几次03/22 14:23
2F：→ Ianthegood: 越高confidence越高 有钱点的会做到1000x03/22 14:23
原来阿!!
那请问通常多少以上才是符合统计水准呢?
我怎麽看他有时候才大於等於5或大於等於10...
※ 编辑: yayayoyi (111.251.112.120), 03/22/2015 14:33:59
推 Ianthegood: 至少都100吧
他都是per cytosine 或per CpGs
这样来说如果depth >5
样本数还是很小啊
这样怎麽说的过去
但这是出自nature的馁
该如何合理化这一切...
※ 编辑: yayayoyi (111.251.118.160), 03/22/2015 19:35:55
※ 编辑: yayayoyi (111.251.118.160), 03/22/2015 19:36:34
3F：推 Ianthegood: 看的是methylation不是sequence本身的话可能重点不同 03/22 21:05
4F：→ yayayoyi: 重点的确不同是没错但5真的颇少的 03/22 21:24
5F：→ soom: 若单一sample很少，但有很多sample都支持，那就还说得过去 03/23 02:09
6F：→ blence: 以前单一case上natures的时代,depth会要求高一点;之後WGS 03/23 08:39
7F：→ blence: 多case的depth要求反而降低到7,exome或RNAseq会高一些 03/23 08:42
8F：→ blence: 因为depth越高,coverage越降,所以看你的目的是偏重那个 03/23 08:45
9F：→ blence: 然後疾病样本品质差异大,所以coverage太严格也会减少样本 03/23 08:51
10F：→ blence: 之前同事用FDR检定每个exome mutation,methyl也适合吗 03/23 08:59
11F：→ yayayoyi: 谢b大详尽解释 但还是不明白coverage跟depth的差别ˊˋ 03/23 13:18
12F：→ yayayoyi: 是因为C的修饰是个改变的过程吗(5mC>5hmC>5fC>5caC) 03/23 14:12
13F：推 kentket: coverage跟depth不同文章释义有可能不一样 03/23 21:06
14F：→ kentket: b大的coverage是指整个基因体 但有些文章的coverage其实 03/23 21:07
15F：→ kentket: 就是depth的意思 depth通常是指目标片段的重复次数 03/23 21:07
16F：→ yayayoyi: 大概了解了 谢谢大家的帮忙! 03/23 21:14
17F：→ blence: 要做到genome-wide,涵盖率要有代表性,感谢楼上补充 03/23 21:15