作者silverberry (平行线上的交集....)
看板Biotech
标题[求救] NCBI 下载基因序列
时间Thu Apr 16 13:23:01 2015
大家好，
我平常从 NCBI nucleotide 中查到需要的基因的序列後，
用右上角 Send 选项里的 Complete Record -> File -> GenBank (full) -> Creat file
虽然讯息完整，但是像 FEATURES 里，
mRNA or CDS 会注明 join(1..54,254..294...)
但是下载的序列还是全部都是小写。
请问有没有办法下载出把 exon 以大写显示的格式?
或是有没有软体可以快速地转换?
谢谢
--
※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc), 来自: 73.164.8.164
※ 文章网址: https://webptt.com/cn.aspx?n=bbs/Biotech/M.1429161790.A.1B6.html
2F：推 jabari: word 04/16 13:59
3F：→ jabari: 等等 你是只要exon大写其他小写吗? 04/16 13:59
4F：→ Ice9: 选择你要变成大写的文字，再找找软体中类似『变成大写』的项 04/16 15:54
5F：→ Ice9: 目。现在几乎所有可以开启纯文字档的软体都做得到这件事吧。 04/16 15:55
6F：→ Ice9: 而且，你下载的也只是 exons 序列，看小写比较不伤眼…… 04/16 16:03
7F：→ silverberry: 抱歉，我可能没有表达得很清楚， 04/18 13:51
8F：→ silverberry: 我下载的序列是 gene region，包括 exon 和 intron 04/18 13:52
9F：→ silverberry: 我想要把 exon 标成大写，方便区分，也可以画出 04/18 13:52
10F：→ silverberry: splicing map。当然一个一个对着 join 讯息把 exon 04/18 13:53
11F：→ silverberry: 标出来也是可以。只是想知道有没有一开始下载时就 04/18 13:53
※ 编辑: silverberry (73.164.8.164), 04/18/2015 13:54:15
12F：→ silverberry: 会把 exon 标成大写的方法。 04/18 13:54
13F：→ silverberry: 附上我将要用来画图的网站 04/18 13:55
15F：→ silverberry: 谢谢~ 04/18 13:56
16F：→ blence: NCBI可以从gene找到里面的tool,可以抓你要的seq,不过in/ex 04/18 16:05
17F：→ blence: 是以底色分区的,要自己处理;如果是UCSC就可以自选gene或 04/18 16:06
18F：→ blence: output region时,设定你要哪些特徵以大小写的形式 04/18 16:07
20F：→ Ice9: 要直接分色的话，我接荐 UCSC 和 Ensembl。NCBI gene 有联结 04/19 00:16
21F：→ Ice9: 它们已经帮你画好图了 04/19 00:17
22F：→ silverberry: 谢谢两位~ 受教了 ^ ^ m(_ _)m 04/19 10:25