作者x9060000456 (你好)
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标题[讨论] Affymetrix microarray 分析方法
时间Thu Apr 23 17:01:35 2015
各位前辈大家好
小弟我分析 Microarray 做了3个月，
流程几乎都是做 QC (MAS5)→挑出不好的 chips
→观察资料(spike-in control plot heatmap , box plot , all genes plot MDS)
→使用 LIMMA 分析→挑出差异表现量基因→将差异表现量基因放在 KEGG pathway观察
以上是分析 Microarray 粗略的流程~
请问各位前辈我做到最後一步，还可以如何进阶分析!
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1F：推 huuban: 跑个co-expression network，最近好像很多人这样用 04/23 21:43
2F：→ x9060000456: 谢谢大大~我会上网查了解一下!! 04/23 21:55
3F：推 lelojack: 有没有临床资料 根据资料型态 可以做一些回归统计 04/24 01:46
4F：→ x9060000456: 没有临床资料唷-_-" 另外因为microarray变数数目大於 04/24 09:17
5F：→ x9060000456: 样本数 所以回归不能做 04/24 09:17
6F：推 lelojack: PCA analysis 利用PCA的纬度 来找出重要的factor 04/25 01:21
7F：推 lelojack: GSEA也可以用看看 笔电就可以跑了 04/25 10:10
8F：→ x9060000456: WOW, 谢谢大大的指点! 因为本科系是统计...所以对这 04/26 11:25
9F：→ x9060000456: 块非常的陌生-_-" 04/26 11:25
10F：推 lelojack: 科 我反而羡慕统计系的 程式只是工具 最後还是回到连 04/26 19:50
11F：→ lelojack: 续资料或类别资料的统计 04/26 19:50