各位前辈大家好 这阵子在监定从土壤中分离到的细菌菌株，遇到了一些问题 希望可以在这边获得解答... 我目前是以16S rDNA的基因先解序 解序出来的结果去NCBI跑BLAST， 跑出来的前50个结果都是同一属的，种之间则是有些差异 (即自己的菌株结果皆为Bacillus，其中一只菌株则是Brevibacillus) 而且 E value 皆为0、Ident 皆为99% 左右 我将其中几个BLAST结果的序列下载下来(包含不同种的)， 利用ClustalW2网站或mega软体去跑亲缘树 但发现画出来的树都丑，亲缘关系都很远 甚至我拿NCBI网站得到的Brevibacillus之序列去比对， 其中一只Bacillus的亲缘关系竟然比原本监定为Brevibacillus的那只菌还来的更近 (但前者跑BLAST完全没有Brevibacillus的结果QQ...) 现在遇到瓶颈了。 起初选用16S rDNA的基因是认为他保留性很高，应该很好监定 但仔细想想，或许这样反而不好将菌株监定得太仔细... 也很困惑到底是选错了基因、还是我的操作方式出了问题Q_Q... 我现在重新思考几个解决方式： 1. 选用其他 Bacillus 的其他基因，做多基因序列比较： 这方法或许是最佳也最省钱(?)，但其实我这两个月有些水深火热， 再加上找文献做实验的时间，实在很担心。 又若找寻的基因不完全适合监定自己的菌株...感觉或许是又绕了一大圈T_T 2. 使用人工试验套组： 这是刚刚查文献时看到的方式，选用的是 API 50 CHB 这个套组 其是可以监定22种的 Bacillus 及其相似种 已经有多篇paper用过，疾管局亦有公告此检测方式 但我们实验室没有这种东西...刚刚也查不到到底是哪间贩售的 Orz 不知道有没有人使用过呢？ 因为其是以菌株的碳水化合物利用来监别，不知道这样的生理生化的方式， 监定的结果是否会比分子生物学更加准确... 另有查询到另个套组，是 Microgen® Bacillus ID 号称监定出来的准确率比前者还高，但我一查他的售价要一万台币..... 以本实验室的财力，无法应付 Orz... 我并没有要监定到太过详细的资讯 老师希望我至少要监定到种... 我想老师会希望我用最省钱的方式，得到最正确的结果 (废话) 这样看来是否还是方法1较为推荐呢....? 由於本人的研究领域并非在分子生物学Q_Q...所以对这方面蛮苦手的 还请大家鞭小力一点，并请多多指教... 非常感谢！！！ --

※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc), 来自: 121.254.66.252 ※ 文章网址: https://webptt.com/cn.aspx?n=bbs/Biotech/M.1431694359.A.ECE.html P出来片段都是1600 bp左右，但出来的结果数值都很接近，所以真的无法确定.. 而且我拿前几个分别去align，相似值却都很低..所以很纳闷 请问是指将菌株直接送AP监定吗? 有公司有这类的服务吗>"<? 不然我也很想这样T_T... 没错，我blast之後的片段大小几乎都是两千多的@@... 这确实在让我画亲缘树或align时有点困惑... 谢谢您的解释和建议，我会再去请教老师或有做相关实验的同学>"< 或是看看相关paper 真的很谢谢大家的意见!!! 谢谢楼上!!! 启新我昨天找了一下，好像没有卖API，刚刚有去信询问今日仪器了! 我问了曾经做过此属细菌的同学(早该问了Orz...)，确实他说16S rRNA分不太开 得要利用Biolog或其他的生理生化才能确认其属... 至於需要哪些测试就得要看我自己的需求了！ 真的很谢谢大家的解答...T_T 如果有大大有做过此属的API测试，是否也请能分享一下经验呢? 谢谢！ ※ 编辑: kimisky (140.120.196.16), 05/18/2015 13:52:37