作者stevekevin10 (hippo泡)
看板Biotech
标题[求救]序列该如何判别位於哪条基因上
时间Fri May 29 02:02:39 2015
请问我有有了染色体上序列的位置 EX: 54531-56881
我有什麽工具可以知道这条位於什麽基因上呢?
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1F：推 jabari: ensembl 05/29 04:52
2F：→ stevekevin10: 上面只能一条条找吗? 05/29 05:31
3F：→ stevekevin10: 有没有可以输入位置就出现该基因的资料的程式呢 05/29 05:31
4F：→ stevekevin10: ensembl上的资讯有点杂看不懂.. 05/29 05:31
5F：→ williamyang: UCSC genome browser 05/29 05:36
6F：推 mesenchymal: ensembl 右上搜寻列打 染色体:54531-56881 05/29 10:45
7F：→ mesenchymal: 搜寻就会自动列出该片段上annotated的基因了 05/29 10:46
8F：→ Ice9: 拿到 NCBI 去 Blast 一下就会出现相关联结了。 05/29 17:47
9F：→ blence: 原po说的是染色体位置,不是序列,blast不能直接key位置吧 05/29 17:54
10F：→ blence: 原po顺便要考虑你用的位置版本,版本不同的位置标示就有差 05/29 17:56
11F：→ stevekevin10: 我想问一下有没有哪里能下载物种基因的资料库呢? 05/29 23:28
12F：→ stevekevin10: 像是1-1000A gene 05/29 23:28
13F：→ stevekevin10: 1000-20000 B gene 05/29 23:28
14F：→ stevekevin10: 这种数据呢 05/29 23:28
15F：→ stevekevin10: 这样我让程式去跑会方便很多 05/29 23:28
16F：→ soom: UCSC table browser可以选物种并输出GTF格式 05/29 23:35
17F：→ Ice9: 有位置就应该有序列，所以我才会直接假设它有序列…… 05/30 00:22
18F：→ Ice9: 另外，blence 提到的版本问题不能忽略——如果只有位置。 05/30 00:23
19F：→ stevekevin10: 了解 我会去尝试看看谢谢各位 05/30 03:34
20F：推 lelojack: 把注解资讯跟ref放在igv上 应该可以解决你的问题 05/30 23:53