作者maybeshit (坚持美好)
看板Biotech
标题[讨论] SNP是否影响RNA的表现量
时间Fri Jun 26 10:22:05 2015
最近在作SNP相关的研究
将一段mini gene利用点突变，将单一核甘酸突变(C-->T)
结果作Q-PCR发现
表现量却发现相差有10倍以上!
跑胶没有Alternative splicing，但却可以看到band有明显差异
我很疑惑的是，两段基因指利用点突变单一点，却影响这麽大的表现量
这是有可能的吗? 小弟书读不多~盼解惑! 感恩~
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2F：→ blence: sample size够大的话,可以做eQTL比较 06/26 10:43
3F：→ blence: 不过本文没描述实验操作的细节 06/26 10:44
4F：→ Ice9: 只能说有可能，但差十倍这种事，还要看其他条件吧。 06/27 00:35
5F：→ xxtomnyxx: 你突变在哪里？ promoter? exon? intron? 06/27 23:44
6F：→ maybeshit: exon 06/28 11:18
7F：→ blence: 为什麽exon mutation要看RNA,为什麽用minigene? 06/28 11:32
有转cDNA看表现量，因为这gene段没人研究过，minigene是参考paper的
8F：→ blence: 你的C与T在不同construct上,如何normalize两者差异? 06/28 11:36
9F：→ blence: 而且也是很好奇何不能透露实验设计,反正又猜不到你的SNP点 06/28 11:50
10F：推 jabari: 拿clone直接跑PCR efficiency... 一样的话再讨论表现量 06/28 17:26
有跑电泳过，两个vector没有断裂，量也差不多一样
11F：→ xxtomnyxx: 有很多可能，你给的资讯很难判断，不过其实就算给了也 06/29 01:46
12F：→ xxtomnyxx: 还是很难区分是哪些可能。 06/29 01:47
13F：→ xxtomnyxx: 再问仔细一点：你的 minigene 是怎麽放到细胞里的？ 06/29 01:47
14F：→ xxtomnyxx: 是用 transient transfect 还是挑 stable clone？ 06/29 01:48
是以Lipofectamine 2000 transfect into cell
15F：→ xxtomnyxx: 然後你既然提到你有看 alternative splicing，表示你突 06/29 01:49
16F：→ xxtomnyxx: 变的点很接近 splicing site？那就有可能是 exonic 06/29 01:50
17F：→ xxtomnyxx: splicing enhancer 的影响？ 06/29 01:50
这点也有讨论过，有可能性
18F：→ xxtomnyxx: 然後你的 qPCR 设计的 primer 有跨 intron 吗？你可以 06/29 01:51
有跨intron设计
19F：→ xxtomnyxx: 提供更多资讯这样才方便我们分析可能，反正你不讲基因 06/29 01:52
20F：→ xxtomnyxx: 明也没人知道你在研究什麽，不用担心有人会跟你竞争ww 06/29 01:53
21F：→ xxtomnyxx: 名 (订正错字) 06/29 01:54
22F：→ Ice9: 如果是exon上，你可以参考SMN1和SMN2的比较差异，也是着名的 06/29 15:05
23F：→ Ice9: exon SNP 造成表现量差异大的例子。另外，除了 splicing 有 06/29 15:07
24F：→ Ice9: 异，你的SNP会不会也形成新的stop codon？这也会影响稳定度 06/29 15:08
有想过会不会是stop codon，但已排除
现在朝着actinomycin RNA stability方向走
谢谢各位的讨论分析^^
※ 编辑: maybeshit (117.19.128.219), 07/01/2015 10:39:11
25F：→ Ice9: 你既然要做 act.D 和 RNA degradation 的实验，那最好也考虑 07/01 14:09
26F：→ Ice9: 一下在24小时内做time course收集数据。另外，有试过使用 07/01 14:10
27F：→ Ice9: 不同细胞株来看看结果吗？或是同一种细胞的不同状态/刺激下 07/01 14:11
28F：→ Ice9: 不同RBPs或RBP不同状态也有可能会有影响，但这扯得有些远了 07/01 14:12
29F：→ supray: 因SNP产生miRNA target site也是有可能的@@ 07/04 23:58