作者lb00202549 ()
看板Biotech
标题[求救] RNA level与protrin level结果相反
时间Wed Sep 2 23:37:23 2015
菜到不行的硕一新生的我最近刚跑完同一批cell line的QPCR以及western
结果发现在cancer cells中的RNA level所想看的x gene的CT值很高，几乎没有表现。
而western protein level的结果却是皆有表现。
请问这种结果合乎逻辑吗?
新手的我实在想不太到这两者之间发生了什麽事(暂时排除人为技术><)
有稍微跟跟我一样菜的同学讨论了一下
同学说可能原因是:
1.RNA容易degrade，可能没有测到。
2.有其他机制去影响x protein的表现。
再来还有什麽可能的原因呢? 谢谢!!!
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc), 来自: 111.243.117.119
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1F：→ blence: 这哪是相反了，有没有适当的control怎麽是相反 09/02 23:39
2F：→ lb00202549: 不好意思!我用字不恰当>< 09/02 23:40
※ 编辑: lb00202549 (111.243.117.119), 09/02/2015 23:40:53
3F：→ blence: 你把现有抗体倍率再稀释一千倍,WB结果不就跟QPCR一样了阿 09/02 23:40
4F：→ lb00202549: 但是无论QPCR或是western的internal control都很清楚 09/02 23:42
5F：→ blence: 等你用很多株细胞再来说WB与QPCR是不是一致 09/02 23:47
6F：→ blence: 现阶段的data把该抗体再多稀释一千倍,WB就很QPCR一样弱了 09/02 23:49
7F：→ huuban: RNA quality OK吗？ 09/03 00:09
8F：推 ljii: 呃...这是常见到不能再常见的状况了 09/03 05:50
9F：→ ljii: 照你的说法是RNA测不到, protein测的到. 所以可以从RNA leve 09/03 05:51
10F：→ ljii: l及protein level各去想. 各自有无数可能 09/03 05:51
11F：→ ljii: RNA level :RNA sample quality? primer melting curve?换 09/03 05:52
12F：→ ljii: 组primer?RNA有没有被DNA 污染?搞不好RTPCR产物跑胶是一个 09/03 05:53
13F：→ ljii: smear 09/03 05:53
14F：→ ljii: protein level: 你确定你blot到的是那个protein吗?别的lane 09/03 05:53
15F：→ ljii: 也blot的到?有positive control吗?(确定有表达该protein的 09/03 05:54
16F：→ ljii: cell line) 09/03 05:54
17F：→ ljii: 另外你的"皆有表现"也讲的很含糊, western出来是一个 09/03 05:54
18F：→ ljii: big fat band, 还是是好几条然後刚好有一条命中你预期的分子 09/03 05:55
19F：→ ljii: 量你就觉得是有表达?表达量跟loading control比呢? 09/03 05:55
20F：→ ljii: 假如上面troubleshooting都作完了, 确实是RNA表达量很低 09/03 05:56
21F：→ ljii: 但protein量高, 那可能就是有别的gene在作这个protein或是 09/03 05:57
22F：→ ljii: 刚好作一个类似大小又类似epitope的fragment (抗体好不好也 09/03 05:57
23F：→ ljii: 有差). 09/03 05:57
24F：→ ljii: 最後加个不负责任的预测,因为你说你RNA的Ct很高, (高是多少? 09/03 05:58
25F：→ ljii: 35?38?) 我会猜是你根本就是primer不好,换几个primer试试吧 09/03 05:58
26F：推 ducky313: 这好多原因，三言两语也说不完...另外可能还有时间点的 09/03 10:17
27F：→ ducky313: 问题哦.. 09/03 10:17
28F：→ lb00202549: 请问时间点是什麽意思呢？ 09/03 11:10
29F：→ liumang: mRNA→protein这段时间也是要考虑的啊 也许你虽然测的到 09/03 20:55
30F：→ liumang: protein 但mRNA早就degrade掉了啊 跟你一样是小硕一 有 09/03 20:56
31F：→ liumang: 错还麻烦指教一下 09/03 20:56
32F：推 qiet: 先保证你的实验condition是ok的再来考虑科学问题 09/03 23:42
33F：→ qiet: RNA品质, primer/qPCR条件(是否有好的positive control) 09/03 23:43
34F：→ Ice9: probe 是自行设计的吗？搞不好 probe 也有问题呢。 09/04 10:34
35F：→ Ice9: 另外，你可以先看看你的mRNA，上面有没有早夭序列…… 09/04 10:36
36F：推 andy544asd: 蛋白如果在细胞里面很稳定不容易降解 就算mRNA都消失 09/09 23:04
37F：→ andy544asd: 原本的蛋白质还是不会消失阿 就顶多没有新生成更多 09/09 23:05
38F：推 ararthur: primer换一组吧 或许根本没抓到 09/28 02:22