作者chenmick ()
看板Biotech
标题[求救] 用real time定量粪便total菌数
时间Thu Nov 5 17:36:58 2015
目前实验需要监测小鼠粪便的total菌数
看到paper用real-time PCR的方式可以得到16S rRNA基因的copy number
(会使用universal primers)
但在实验执行上有遇到几个问题
1. 请问50~100 mg的粪便够测吗?
2. 粪便要做什麽前处理吗? 脱水?(粪便有的软有的硬,担心未影响重量)
还是可以直接冰-80?
2. 我看到别人data呈现方式的y轴是copy number/g
请问是指在分离DNA时用固定体积elute,并取固定体积做real-time PCR?
(就不管每管DNA的浓度不同?)
感谢~~
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc), 来自: 203.71.94.11
※ 文章网址: https://webptt.com/cn.aspx?n=bbs/Biotech/M.1446716221.A.25C.html
※ 编辑: chenmick (203.71.94.11), 11/05/2015 17:37:18
※ 编辑: chenmick (203.71.94.11), 11/05/2015 17:38:59
1F：推 biotium: 有直接抽stool dna的kit可抽的DNA 11/05 18:30
2F：推 as862437: 每管抽出总体积同浓度不同，pcr 才会有差异啊 11/08 18:19
3F：推 hitmd: 假设stool kit抽到的完全都是菌的DNA的前提下，以等重量的s 11/09 10:45
4F：→ hitmd: tool下去抽，再以等体积下去做elution,理论上可以测。但是 11/09 10:45
5F：→ hitmd: 要是考虑到kit每管抽的效果差异与除了菌以外的DNA含量比例 11/09 10:45
6F：→ hitmd: 影响，数据应该不会太好看。 11/09 10:45
7F：推 hitmd: 也可以进行enrichment的动作，但成本就会拉高很多 11/09 11:05
8F：推 Nicoleching: 直接做NGS. 逃 11/20 08:30