作者adimsc (adimsc)
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标题Re: [求救] PCR问题 以及plasmid浓度换算
时间Sun Feb 14 04:37:09 2016
※ 引述《Tsuyokunaru (小强)》之铭言:
: 大家好 因为我不是生科相关科系的 但是因为实验会牵涉到PCR
: 所以有些问题想请教......
: 我们一直都是用HBV当TEMPLATE (然後用自行设计的机构跑PCR)
: 只是最近想复制长片段 出现一些问题
: 跑胶後结果是亮在低於100bp的位置@@ (primer是大於400的)
这primer好长…还是是指产物长度?
这麽长的primer会不会有二次结构问题?
而且primer这麽长,primer dimer应该也很长吧
所以我大胆猜是产物长度?
至於100bps那个,我觉得是primer dimer
: 不管是我们的机台还是传统机台 所以推测是我们DNA来源没有那麽长?
: 那是PRIMER DIMER吗? 还有其他可能性吗?
: 然後请教相关科系学姊 她说可以用plasmid当template
: 浓度是 0.1mg/ul
: 这边我有点不懂......
你学姊讲得也不够精确,
她只给你浓度,没告诉你要放多少量…
这个
总之,用plasmid做模板不需要放太多量
我自己喜欢从「plasmid 总量10ng」开始进行PCR
(plasmid浓度太高就要稀释)
: 因为我们之前都是用例如 10^8 copies/ul 来标记浓度
: 那这样我要怎麽转换??
: 我查了一下 硷基对平均分子量660/mole
: 我看到有外国类似知识+的论坛有这个回答
: https://goo.gl/K5VpxV
: 可是 660 x 6 billion = 3.96 pico gram (pg) ??? u
: 不懂这是什麽意思?
: 所以还是想请问有人能浅显易懂的解说一下吗QQ
1. 那个讨论串有另一个人提出看法啊,
不过他们在算的是基因体的量
而且也有人说他PCR会放多少「总量」的plasmid做为模板…
2.你可以用“nucleotide 分子量”去搜寻
应该可以找到较明确的换算法
(前提是你要知道你的plasmid有多少base pair)
: 然後更换成这个TEMPLATE後
: 我们的机台还是跑在低於100bp... 传统就的确在正确位置了
: 这样是anealing extension 时间不够?? 还是温度不够? 温度太高?
: 因为短primer是ok的......
有可能是机台温度不够精准吗?
(纯猜测,机器相关的问题我不懂@@…)
: 然後还有一个蠢问题
: 查了一下plasmid 这好像是细菌或酵母菌之类才有的
: 可是HBV 不是病毒吗@@?
天然状况下,plasmid的确主要存在於细菌中
但在现在已经变成一个十分普遍的研究工具
你用的plamid是人工制造的产物,
至少包含你PCR 的目标基因
: 因为不是学生物的 真的不是很懂这块 但是还是想要了解基本的
: 麻烦板友多多指教一下!!
我会的大概就是这些,
希望有帮到你,
若有错误的也欢迎板友指正:-)
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