作者huuban (冰酒瓶子)
看板Biotech
标题[求救] SDS-PAGE 跑到剩1/3卡住下不去
时间Fri Mar 18 20:58:06 2016
http://imgur.com/JmRzpQ7
如图
抱歉照片不是很清楚
总之最近实验室同仁的PAGE一直出状况
据他们说以前用相同的program可以跑到底
可是最近跑都会停在大约剩下1/3的地方
有时候甚至会停在一半的地方
PAGE在使用之前都看不出异状
刚跑完在停止的地方看起来有像摺痕的感觉
可是放了一段时间这个"摺痕"就消失了
实验室的PAGE一直都是要用才配的
他们用很凶所以不会有摆太久的问题
因为我平常没有在做这个实验所以实在帮不上忙
请问板大们有没有想到甚麽可能的原因会造成这种情形?
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc), 来自: 36.225.23.192
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1F：推 jabari: buffer有没有加好加满？ 03/18 21:04
有喔!而且不同人做都有这个状况...
※ 编辑: huuban (36.225.23.192), 03/18/2016 21:06:46
2F：→ e104582001: 前两周我们实验室才这样子 03/18 21:12
3F：→ e104582001: 换了Tris电压稳定了就好了 03/18 21:12
4F：→ Fongshin: 跑一半其实buffer漏光？还有跑胶时，是定电流还是电压， 03/18 23:23
5F：→ Fongshin: 有可能电流不足，也有可能running buffer reuse太多次， 03/18 23:23
6F：→ Fongshin: 跑一半黏这麽紧，也有可能是1.5M tris-base pH有问题 03/18 23:23
7F：→ sunorange: 电流出问题了 ！检查电源供应看看 ！ 03/19 00:17
8F：推 tynse71864: 电流 03/19 13:09
谢谢板大们的热烈回应QQ
其实有换过供电器，可是没有救QQ
电泳槽有好几个，所以他们也不认为是电泳槽的问题
running buffer没有reuse，前阵子刚买新的，或许buffer有问题?
※ 编辑: huuban (118.161.239.34), 03/19/2016 16:40:09
9F：推 jabari: 可能是新buffer喔..泡电泳下面有盐晶析出吗? 03/19 17:00
我再问问他们..!!
10F：→ blence: 如果是电流或机器,怎麽解释只跑一半後就不跑的？ 03/19 17:19
11F：→ blence: 跑一半才不动,比较是pH值改变导致带负电protein无法被带动 03/19 17:22
12F：→ blence: 包括gel或buffer因为温度偏高导致pH降,像stacking一样停滞 03/19 17:27
13F：推 tz2733: 供电器有设定电阻或是电压多少数值为上限吗? 03/19 20:34
14F：推 tz2733: 觉得blence大讲的还蛮有道理 pH值变化... 03/19 20:36
通常是定电压
15F：→ lail: 配胶的tris buffer， ph值测一下 03/19 21:44
16F：→ blence: 除了单纯的pH跑掉,配Tris时往来回调,或拿错Triz导致NaCl 03/19 22:31
17F：→ blence: 产生,就会虫造成温度过高,毕竟SDS-PAGE不好有盐离子存在 03/19 22:36
18F：→ roy047: 之前有买过黑心buffeer, 跑一跑well内都会有盐巴析出... 03/19 22:38
19F：→ roy047: 结果是厂商不会配, buffer内因滴定太多离子导致根本不能用 03/19 22:39
20F：→ blence: 如果只注意pH有无变化,可能会忽略这部分 03/19 22:40
21F：→ leptoneta: PH跑掉吧 不然就是buffer里长太多有的没的微生物XD 03/20 00:35
微生物太可怕了...!!
22F：→ Ice9: 感觉整个buffer stock 03/20 00:37
23F：→ Ice9: -->和working solution的配置有问题。 03/20 00:38
24F：推 Sherry5566: 会不会是内层漏了？里面有没有夹紧？ 03/20 02:11
有漏的话应该会注意到
通常架完都会等一阵子看有没有漏
25F：推 tynse71864: 蛤大家 bfr都用买的喔 03/20 03:22
以前都用配的，後来用量大新人问题又多就放弃了(炸
26F：推 jabari: 这10x buffer常有特价咩 买回来省事不用在那边配个老半天 03/20 07:36
27F：→ jabari: 三不五时就得回来看tris溶了没 orz 03/20 07:36
※ 编辑: huuban (118.161.239.34), 03/20/2016 16:19:51
28F：推 michealking: 检查一下白金线和电极那整组 03/21 00:21
29F：推 Sherry5566: 会不会是power故障？我们实验室也有一个power跑20分 03/21 21:13
30F：→ Sherry5566: 钟左右就会自动跳掉，後来借隔壁的就好了 03/21 21:13
31F：推 Sherry5566: 你有说设定program,有试试看拉长时间或增高电压吗？ 03/21 21:17
32F：→ Sherry5566: 我很少看到商用buffer会出这麽大问题呢，毕竟他们一 03/21 21:17
33F：→ Sherry5566: 次都是好几加仑在配...这样问题应该不只你们有 03/21 21:17
34F：→ Sherry5566: 题外话running bfr 不reuse...真羡慕啊！ 03/21 21:19
35F：→ Beatry: aps temed放太久? 03/23 00:11
36F：推 boblu: 几乎确定是buffer 有问题 跑到一半 缓冲能力被耗尽 03/23 04:49
37F：→ boblu: pH 开始剧烈改变 就跑不动了 03/23 04:49
感谢板大们的回应
最後确定是APS的问题!!
※ 编辑: huuban (140.112.82.238), 03/23/2016 15:09:58
38F：→ Ice9: 跑不到底，不会是APS的问题。你们最好要再确认一下。 03/24 10:30
OK!
其实全部的东西都换了...就是换到APS的时候问题才解决了...
另外补充一点
一开始还有一个状况是皱褶以下的部分染不到颜色
然後处理的方式有试过的..
换供电器
换TEMED和SDS (那时候说APS没那麽快到货)
换电泳槽
换Buffer (自己配)
换Tris (当时测之前那瓶pH值是8.4，比目标的8.8低了0.4)
到这个时候我听他们说蛋白质过得去了，可是摺痕还在
最後换了APS，就甚麽都正常了
或许问题不是只有一个 / \
总之还是很感谢大家
※ 编辑: huuban (36.230.219.178), 03/24/2016 11:05:25
39F：→ tz2733: 结局相当有趣~竟然是APS~还真没想到 上了一课! 03/24 12:10
40F：推 jabari: 凝一半就没力的意思吗?? XD 03/24 17:07
41F：推 overcame: 原来凶手是APS，你就到监狱里好好反省吧 03/24 17:35
42F：推 lyuching: 答案真是出人意表XD 03/24 20:38
43F：→ Ice9: 所以跑不到底毕竟不是APS的问题。关於摺痕，可以有多一点描 03/25 04:18
44F：→ Ice9: 述吗？因为这个case有点意思，想记录下来备用。再请问，你们 03/25 04:20
45F：→ Ice9: APS是粉沫吗？平常有放防潮箱吗？使用时是配置多大量，剩下 03/25 04:23
46F：→ Ice9: 的又是如何处理？不好意思了。谢谢回应～ 03/25 04:23
47F：推 kakaman: APS要现泡比较好啦 03/25 20:37
我很想回答各位的问题也很愿意讨论
可是很无奈的是，我平常就没在做这部分，我只是帮实验室其他人来请教各位而已
细节我真的不清楚
目前常用的那几位最近赶毕业所以都很忙，我只能就我知道的尽量回答
APS我们一直都知道它应该要放防潮箱
无奈实验室防潮箱早就坏了又一直无法处理(不要问我为什麽，这讨论不完的)
平常我不确定一次是配多少(我没配过)
只知道配好的都放在-20
最近出问题之後
有发现原本的powder已经变色
一看到变色当然就不敢用了
处理问题的过程中有跟别的实验室借APS
但问题没有解决(当然也可能他们的也坏了，因为他们更少用..)
那时候开始往Tris的pH值找答案
後来调了pH值也发现摺痕还在
(到底什麽时候开始蛋白质能跑过摺痕以及跑过去之後染不染得到这我不清楚
实验室有些人发现实验出了问题也从来不讲
所以这个问题当初怎麽开始的我们也完全没有头绪
只是突然有一个人讲了，一问才知道问题很久了，真是很糟糕的情形)
至於pH值的问题
因为有一些药品是需要很准的pH值才会溶解
所以我一直相信我们的pH计没有太大的误差
这次除错过程中当然也有校正才重新测旧的Tris、配新的Tris
现在看起来都正常了
也可以证明这个部分不是问题的关键
会不会真的跑一半pH值改变？
事情发生的时候我不清楚
但至少现在不会
小抱怨:
APS需不需要现泡我不知道
但我听说这次事件我们终於突然有办法买防潮箱了
太好了真是
(啊之前各种潮解不知道在心酸什麽...?)
无论如何还是很谢谢各位
我很少接触这个，也学到不少 :P
有问到什麽我会再po上来
※ 编辑: huuban (118.160.135.65), 03/25/2016 23:07:01
48F：推 jabari: 是不是很多人用iphone... (误) 03/26 05:07
iphone..??
49F：→ lail: APS可以泡完分装小管在-20℃冰箱（我分1ml一管），一管一个 03/26 11:02
50F：→ lail: 月内用完，基本上是没有大问题的（前提是你冰箱没坏，也不是 03/26 11:02
51F：→ lail: 那种会除霜的家用冰箱…） 03/26 11:02
我们的确是分小管~
因为用很凶所以到底多久会用完这我就不清楚了...(炸
再记,
後来问了才知道
原来折痕还在
只是蛋白质过得去，折痕以外也都正常可以染胶
※ 编辑: huuban (36.225.22.185), 03/28/2016 00:58:01
52F：推 dennisyoung7: 蛋白质跑的最前缘会有一层折射率不同的摺痕 03/29 13:03
53F：→ dennisyoung7: 这个平时跑胶都可以观察到 我的印象啦 03/29 13:04
54F：→ dennisyoung7: 他会随着蛋白质最前缘一直往前移动 03/29 13:04
我们这次出现的这种不会动
跑之前看不到
放隔天就消失
而且蛋白质会穿过它继续跑
所以应该是不同的状况
※ 编辑: huuban (36.225.247.178), 03/29/2016 15:06:29
55F：推 ad1980: 广告 04/17 11:50
56F：推 ad1980: 我们实验室前阵子大家跑胶都出现类似问题，就是 marker 04/17 11:58
57F：→ ad1980: 的间隔乱掉，然後蛋白的 MW 跑掉，70kD 会变成 50kD，然 04/17 11:58
58F：→ ad1980: 後我们除了 running buffer 和 transfer buffer 是共用的 04/17 11:58
59F：→ ad1980: ，其他都是个人各自配，所以刚开始以为是共用 buffer 的 04/17 11:58
60F：→ ad1980: 问题，但是换了以後还是没改善，於是有人把所有配胶的 buf 04/17 11:58
61F：→ ad1980: fer 都换了才解决，结果我是只换了 APS 就解决了。 04/17 11:58