作者coolboychiu ()
看板Biotech
标题Fw: [问题] recombinase 重组酶 DNA inversion
时间Sat Apr 30 21:11:08 2016
※ [本文转录自 Biology 看板 #1N8xwIve ]
作者: coolboychiu () 看板: Biology
标题: [问题] recombinase 重组酶 DNA inversion
时间: Sat Apr 30 04:05:34 2016
【问题】：
我们知道有些重组酶像phiC31可以产生不可逆的DNA翻转，图示如下
attP >^^^^^^^^> attB (>^^^^^^^^> 表示一段被attP和attB夹住的DNA序列)
|
|
V
attR <vvvvvvvv< attL (v 代表 ^ 反转後的样子)
如果现在DNA上有多组相同的attP-attB pairs，如下图
attP_1 >^^^^seq 1^^^^> attB_1 ~~~~~~~~ attP_2 >^^^^seq 2^^^^> attB_2
(~~~~~~~~代表中间不重要的DNA序列 可长可短)
我在想这样的结构应该attP_1和attB_2夹住的整个DNA序列也有机会整个被翻转
我想请问各位的是：
seq 1和seq 2个别被翻转的机会会远比整个序列一起被翻转大得多吗？
【问题起因】：
研究上碰到的
但我本身其实是念电子 老板有兴趣 我就被叫来做相关研究了
我已经查了一整天资料 但毫无所获 到现在都还没睡觉QQQQ
所以才想上来请问大家
如果有参考资料 方便的话 麻烦各位在提供给小弟了
没有也没关系
先谢谢大家了
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc), 来自: 140.112.218.11
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1F：→ blence: 你把P,B,R,L的1跟2的ATCG序列拿来比对是怎麽转变就了解了 04/30 10:59
2F：→ blence: P1B1可转成R1L1,但P1B2转不出可用的R?L?阿 04/30 11:03
3F：→ coolboychiu: 谢谢楼上回答。但我是假设两组attP和attB一模一样 下 04/30 12:15
4F：→ coolboychiu: 标1和2只是方便让我解释问题 那这样attP1和attB2应 04/30 12:16
5F：→ coolboychiu: 该也可以变成attR和attL吧？ 04/30 12:16
※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
※ 转录者: coolboychiu (140.112.218.11), 04/30/2016 21:11:08
6F：→ blence: 因为1跟2是确实存在的序列命名,所以一般不会接重复的2组 04/30 23:16
7F：→ blence: 不过应该有如1个B配2个以上的P,目的是测试最偏好重组长度 04/30 23:19
8F：→ blence: 也就是seq1,seq2与中间spacer都会影响你要的答案 04/30 23:21
9F：→ coolboychiu: 先向楼上抱歉我的命名(下标1 2)上造成误解 04/30 23:26
10F：→ coolboychiu: 也就是说被翻转的是seq1还是seq2或整个序列 会依照 04/30 23:29
11F：→ coolboychiu: 重组酶最喜欢的长度来决定 是这样吗? 04/30 23:29
12F：→ blence: 是,若seq各为1bp,spacer为500bp,或对调一下,结果必不一致 04/30 23:45
13F：→ blence: recombinase在DNA上结合需要空间,长度多少也是因素 04/30 23:47
14F：→ coolboychiu: 非常感谢你的说明 你帮了我的大忙 感谢!! 04/30 23:49
15F：→ blence: 你可以直接找paper,或查看invitrogen gateway系统的介绍 04/30 23:49
16F：→ coolboychiu: 因为我根本不熟 所以我昨天加今天找了许多paper 但都 04/30 23:51
17F：→ coolboychiu: 没有看到相关的资料 谢谢楼上提供的资讯 04/30 23:51
18F：→ coolboychiu: 另外弱弱的问一下 重组酶是有最佳重组长度 还是只要 04/30 23:55
19F：→ coolboychiu: 够长足够和DNA结合就可以了 04/30 23:55
20F：→ coolboychiu: 如果是後者的话 那seq1 seq2够长 好像就变成是一个 04/30 23:57
21F：→ coolboychiu: 不能决定的问题了 04/30 23:57
22F：→ blence: 实验的东西,只有亲自才知道 05/01 09:42