作者muynia (muynia)
看板Biotech
标题[求救]两基因表现相关性
时间Tue May 24 23:24:57 2016
大家好,
我利用qRT-PCR检测几个基因在数十种不同细胞株中的表现，
EXCEL作图後发现A基因表现量高，B基因表现量也变高。
但是EXCEL只能画出两条线的趋势...
没有办法更准确地让我知道是否有意义。
想要请问有甚麽软体能够呈现这样的关系。
或是更清楚的告诉我这两个基因的相关性。
谢谢各位的意见!
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1F：→ blence: excel有correl函数,是pearson correlation,可自行google 05/24 23:49
2F：→ blence: 一般也会用prism软体,有youtube教学用spearman或pearson 05/24 23:51
3F：→ blence: correlation; 当然可用的软体也不只这些... 05/24 23:52
4F：→ muynia: 谢谢你 我研究一下!! 05/25 01:25
5F：→ Ianthegood: 真的只看两个gene的mRNA表现量就能看有没有相关性吗.. 05/26 03:43
6F：推 jabari: 楼上那番话 这几年推销rna seq跟array的时候我也很常讲 lo 05/26 04:44
7F：→ jabari: l 05/26 04:44
8F：→ muynia: 主要是初步的筛选。相关性..当然需要实验的部分证实。 05/26 07:39
9F：→ blence: 相关性来自统计检定,只看两个基因当然可以看相关性 05/26 11:09
10F：推 Ianthegood: statistic or biological significance 05/26 15:23
11F：→ blence: 生物什麽时候会用到"相关"？ 05/26 16:14
12F：→ blence: 一直都是借用统计来检定有无"相关"阿 05/26 16:15
13F：→ blence: 比如:A影响B,B促进C,或C跟D一起被调控,透过生物机制解释阿 05/26 16:18
14F：推 lelojack: 可能是原po只看细胞间的表达有相关的基因 ，顶多看基因 05/26 16:25
15F：→ lelojack: 之间调控，应该无法回答造成phenotype的原因 05/26 16:25
16F：→ blence: 你想说的应该是两个基因表现的统计相关,是不是可在细胞或 05/26 16:27
17F：→ blence: 个体看到,也就是生物意义,而不是讲两个基因能不能看相关性 05/26 16:29
18F：推 lelojack: 应该只能推断AB基因的关系 无法回答AB基因造成的生物功 05/26 16:29
19F：→ lelojack: 能改变 05/26 16:29
20F：→ blence: 我说的是Ianthegood 05/26 16:29
21F：推 lelojack: 其实回到虚无假设就很清楚了 哈 05/26 16:35
22F：→ Ianthegood: 我是在想原po问的是不是统计的相关性啦... 05/26 16:54
23F：→ Ianthegood: 假设它的癌细胞transcription全面提升 统计就算有相关 05/26 16:57
24F：→ Ianthegood: 也不是太informative 只看这两个gene的相关性也得不到 05/26 16:57
25F：→ Ianthegood: 原因不是吗 05/26 16:58
26F：→ blence: 回答你的第一个推文,两个基因可不可以看相关性?当然可以 05/26 17:58
27F：→ blence: 但相关性本来就没办法回答背後的造成因素; 这是两个问题 05/26 18:01
28F：→ Ianthegood: 抱歉用字造成误会，我以为原po想问的不是统计 05/26 19:00
29F：→ muynia: 我想问统计相关性。感谢blence的回答，帮助我不少! 05/26 22:08
30F：→ ararthur: 那应该是 statistic significance or biological effect 06/15 02:10
31F：→ ararthur: 我是用Pearson's corr Excel里公式就是 '=corr'非常简单 06/15 02:13
32F：→ ararthur: 但要算p for r那就不容易了 要自己写计算式 Prism则可以 06/15 02:13
33F：→ ararthur: 直接帮你都算出来 不过我比较好奇的是 sample size够大 06/15 02:14
34F：→ ararthur: 到支持你推翻虚无假设吗? 06/15 02:15
35F：→ ararthur: 另外图的呈现 如果是以两个gene 多个cell line的情形 06/15 02:16
36F：→ ararthur: X-Y分布图是最容易看出Correlation趋势与方向的可以试试 06/15 02:16