作者xxtomnyxx (翼天)
看板Biotech
标题[求救] 4C-sequencing 的定序资料如何处理?
时间Thu Jul 7 17:01:03 2016
大家好，
请问版上有没有做过 4C-seq 或其他高通量定序的前辈？
我手上有一笔 4C-seq 的数据，
它是原始的定序资料 (fastq)，
我要怎麽把这笔资料和 genome 的序列做 alignment？
我上网搜寻软体但是找到的软体都不知道要怎麽使用，
我的作业系统是 Windows 7 x64，
希望版上有做过高通量定序资料分析的前辈能教我
要用什麽软体分析定序的原始资料，
或是在 Wondows 作业系统下那些软体要怎麽使用？
谢谢！
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc), 来自: 120.126.39.94
※ 文章网址: https://webptt.com/cn.aspx?n=bbs/Biotech/M.1467882065.A.1C4.html
1F：→ sunorange: 4C的重点不是alignment，要找到酵素切位和对应的序列07/07 17:13
这个 4C 的实验是我自己设计的，
所以我知道 viewpoint (VP)用的酵素和 primer 序列，
只是我现在要用 sequencing 的 raw data 去找 VP 跟哪些地方有 interaction，
所以我要把去掉 primer 序列後的 reads 序列去跟 genome 做 alignment，
找出有 interaction 的区域。
所以我想请问有没有软体能够让我把 genome 序列和 4C-seq 资列丢进去後，
自动帮我把 reads 放到 genome 上并做出在 paper 看到的那种图。
像这种的：
http://goo.gl/HpkZyl
http://goo.gl/q2jJFL
感激不尽！
※ 编辑: xxtomnyxx (120.126.39.94), 07/07/2016 17:26:25
2F：推 Ianthegood: 所以你应该是先跑alignment 接下来才用另外的program07/07 19:29
3F：→ Ianthegood: 来visualise07/07 19:29
4F：→ Ianthegood: paper应该有写用什麽程式跑吧 一般都要用cluster跑07/07 19:30
5F：→ Ianthegood: 用pc大概一个run要跑两个礼拜07/07 19:30
6F：推 Ianthegood: 版上esh前辈有出一本入门书不贵 值得投资 07/07 19:33
7F：推 jabari: 一个run两个礼拜 debug完再两个礼拜... 超棒Q口Q07/07 22:50
哇哩咧！为什麽会需要两个星期啊 QAQ
难到要我自己用组合语言写一个程式来 alignment 吗......
※ 编辑: xxtomnyxx (111.80.92.137), 07/07/2016 23:04:46
8F：推 lingon: 上galaxy 找tool 帮你做 07/07 23:05
9F：推 jabari: 看运气罗 我上一批raw要给美国合作单位用 挂ftp给他们载了 07/08 00:09
10F：→ jabari: 半天..囧 07/08 00:09
11F：→ Ianthegood: 你如果可以用assembly写出打败各家高阶的程式还真是 07/09 16:56
12F：→ Ianthegood: 造福大家!!! 07/09 16:56
13F：→ Ianthegood: 总之也就是把每一条read拿去blast整个genome嘛 07/09 16:57
所以在 PC 上真的没救了嘛 QAQ
个人是觉得这种分析软体真的得用组语写，
看过 C++ 或其它物件导向语言编译成组语後的样子，
也难怪 PC 上的程式有够没效率....
只是不管我怎麽算，
这程式都会把记忆体塞爆啊！
光 mouse genome 塞进去就快 3G 了......
※ 编辑: xxtomnyxx (114.44.24.77), 07/10/2016 00:19:05
14F：推 lingon: 上amazon 上面找个aligner instance,要不去找galaxy 07/10 02:26
15F：推 lingon: 很多aligner早已用过assembly最佳化过,要做分析就先看看 07/10 02:29
16F：→ lingon: 领域里面有什麽工具早可以用了,不需要重新发明轮胎 07/10 02:30
17F：→ lingon: 也不想PC在分析基因体序列资料能有多大的用途 07/10 02:32
18F：推 jabari: 如果不是de novo 有模板的还有救...不过你ˊ作4c 07/10 02:49
19F：→ Ianthegood: 所以我们都借cluster其实是借记忆体啊XD 07/14 04:43