※ 引述《x9060000456》之铭言： : [2,] 2 1 0 0 1 0 : [3,] 2 2 0 0 2 0 : [4,] 1 2 0 0 2 0 : [5,] 2 1 0 0 2 0 : [6,] 2 2 0 0 2 0 : gene资料形式是以copy number呈现， : 想请问各位大大，分析的软体是R software， : 为什麽在很多packages里MAF的计算，是colMeans(genodata)/2 来计算MAF? : 也就是对每一个column做平均在除二，google找不到相关解释，谢谢各位大能大神! HI 我拿rs671 南方华人独有的酒精代谢缺失作为例子 参考资料:dbSNP http://imgur.com/a/a1sRB 参考资料:Taiwan biobank http://imgur.com/a/KwUMn 简单来说: 人有两个allel 所以除二 这边以Taiwan bank为例 Ref:G, Alt:A 总共987个台湾人，带G/A的人数384, 带A/A的人数有76 A allel 出现的次数是384+76*2=536 987台湾人有987*2个allel 所以A出现的比例是536/(987*2)[ 536/987<-colMeans(genodata) ] 照你的公式算 就会得到上面的结果 所以看台湾biobank整理的资料就清楚了 小知识: 台湾人的A MAF达两成 很多人喝酒会脸红是因为很多人先天代谢甲醛[毒]的能力差 --

※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc), 来自: 122.146.53.14 ※ 文章网址: https://webptt.com/cn.aspx?n=bbs/Biotech/M.1475511542.A.2B7.html ※ 编辑: lelojack (122.146.53.14), 10/04/2016 00:28:02