作者jieyuwang (Sarah)
看板Biotech
标题抽total RNA / NGS
时间Wed Oct 12 19:40:17 2016
因最近要送NGS 的sample, 上机前要先过QC检测
送了几次都没过，似乎是28s18s 太低
造成RIN值很低（一般要7以上）
厂商建议多加RNase inhibitor
但是实验室平常跑PCR时都没有用
想问各位抽RNA时都有用吗？有没有建议的厂牌？
有人送过NGS的sample吗？
为了QC已经过了好多时间...
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1F：→ chldoug: 用什麽方法抽的RNA? 10/12 20:10
2F：→ Ianthegood: 当然要加 你打一次ngs多少钱 一条rnase inh多少钱 10/12 20:57
3F：→ jieyuwang: C大 trizol 10/12 21:10
4F：→ jieyuwang: L大 因为目前在找原因 所以不知道是不是因为这个原因， 10/12 21:11
5F：→ jieyuwang: 也不知道是不是大家都会这样做，谢谢 10/12 21:11
6F：→ huuban: 甚麽样本啊?我们之前Trizol根本不合XD 10/12 21:14
7F：→ jieyuwang: H大 是human 的cell line 10/12 21:28
8F：→ blence: 我以为troubleshooting应该会把实验流程试剂厂牌细节交代 10/12 21:53
9F：→ jieyuwang: 没有... 很多事情都没说～就是要我们重新送... 10/12 22:55
10F：推 lingon: RNase Inhibitor应该没问题,但抽cell line的RNA 不应该 10/12 23:09
11F：→ lingon: 有这种状况, 看看你们用的reagent本身是不是有问题 10/12 23:10
12F：推 mesenchymal: cell line抽RNA RIN小於9都很有问题了 10/13 01:39
13F：推 silverberry: 有预算做NGS要不要直接买kit抽?troubleshooting这种 10/13 09:15
14F：→ silverberry: 事实在不值得.... 10/13 09:15
15F：→ silverberry: 细胞生长的状态如何等等的，像楼上的版友们说的， 10/13 09:16
16F：→ silverberry: 资讯越多大家越容易隔空抓药~ 10/13 09:16
17F：→ jieyuwang: 谢谢大家！！大家愿意互相提供意见，我真的很开心！ 10/13 09:42
18F：推 jabari: 上哪一间NGS就用他们家的kit 过不了就叫他们处理 10/13 17:07
19F：推 supray: baseline 乾不乾净 10/14 08:43
20F：→ supray: 某些组织本身28S/18S就不会很高 所以会加看18S 28S之间的 10/14 08:44
21F：→ supray: baseline 乾不乾净 10/14 08:45
22F：→ supray: 通常送NGS的RNA会建议用通column的纯化方式 10/14 08:53
23F：→ supray: 而且还要处理DNase ! 10/14 08:53
24F：→ supray: j大 都丢给厂商处理 厂商会很头大.... 10/14 09:02
25F：推 jabari: 这不就是卖特殊纯化kit的好时机吗? (逃) 10/14 14:06
26F：推 lelojack: 跟服务商聊聊你们的检体吧 ，为了赚你们的钱，他会问全 10/14 20:56
27F：→ lelojack: 台湾相关的实验室 10/14 20:56
28F：→ lelojack: 买qiagen 看论文都用这款 10/14 20:57
29F：→ jieyuwang: 谢谢～ 今天我用kit M.N.的抽了！！下周一送sample再告 10/14 21:38
30F：→ jieyuwang: 诉大家好不好～～～ 10/14 21:38
31F：推 Chalock: 也有听到没用fiter tip所以不过的例子 10/16 06:57
32F：→ jieyuwang: C大！真的吗！我好害怕明天送出又有问题！ 10/16 12:00
33F：→ supray: 更正通常头大的是实验室里的技术员 QQ 10/17 14:25
34F：→ supray: 真的是要常常找各家kit的供应商.... 10/17 14:26
35F：推 WinnieDad: 我後来要送NGS的样本，尤其是像transcriptome所需的RNA 10/17 20:43
36F：→ WinnieDad: 我都直接花钱请厂商代抽了，大钱都砸了，何苦省个小钱 10/17 20:44
37F：→ WinnieDad: 搞到不乾净的样本然後毁了NGS结果？ 10/17 20:44
38F：→ jieyuwang: W大！我问过他们 是否可以抽，但是他们回应我是说不行 10/17 21:00
39F：→ jieyuwang: 他们都收total RNA 没帮忙代抽 10/17 21:00
40F：推 WinnieDad: 可代抽DNA/RNA的厂商很多，我曾请A厂商代抽後拿给B厂商 10/17 23:15
41F：→ WinnieDad: 做NGS分析，结果好好的。 10/17 23:16
42F：推 jabari: 细胞RNA应该轻松过RIN9才对... 如果你是要跑特别一点的 10/18 03:50
43F：→ jabari: 找上机的厂商问清楚...说实在的 sample没了才是大问题 10/18 03:50
44F：→ jieyuwang: 好！真是感谢各位！如果这次结果不好！就请厂商抽！一 10/18 09:24
45F：→ jieyuwang: 直要自己抽是因为，学长姐一直觉得他们的protocol是没 10/18 09:24
46F：→ jieyuwang: 问题的，但是看起来还是有些改善空间～ 10/18 09:24
47F：推 lingon: 除非是特殊检体(如液态检体)要不然就直接Qiagen抽 10/20 00:09
48F：→ jieyuwang: 谢谢！！上次用kit 现在是level A !! 如果需要或有同 10/20 00:53
49F：→ jieyuwang: 样问题可以站内！ 10/20 00:53