作者lelojack (莉罗夹克)
看板Biotech
标题Re: [讨论] 关於RNA-seq
时间Wed Oct 19 21:52:01 2016
※ 引述《liberty5556 (赫拉克罗斯)》之铭言：
: 若从抗病品种及不抗病品种RNA-seq数据中，比较得知在抗病品种表现量高的基因。
: 请问要如何回头做genetic mapping?
: 定位这些基因在染色体上的位置呢？
在没有Genome的状况下 是无法做mapping的喔
我用有Genome情况下回答
假设我要找香蕉的FLS2序列在哪个chromosome上
http://imgur.com/a/1v7qa
请到ensmebl上找blast工具
http://plants.ensembl.org/Musa_acuminata/Tools/Blast?db=core
结果很漂亮的座落在chromosome 6上
http://imgur.com/a/n8lQy
如果没有参考序列就请私讯我吧 我或许我有其他办法
J
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1F：推 liuse: 还是可以 先做de novo genome assembly 後再mapping 10/20 09:18
2F：推 Ianthegood: 可以做ish後再做optical mapping啊 再分chromosome XD 10/20 16:56
3F：→ lelojack: 要做都可以就只是blast 不过要做出唯一解这是生资的功 10/20 21:25
4F：→ lelojack: 力!! 10/20 21:25