有一篇《Trends in Genetics》的 Feature Review 对这系列的技术有不错的说明， 标题是： Unraveling the 3D genome: genomics tools for multiscale exploration http://www.cell.com/trends/genetics/fulltext/S0168-9525(15)00063-3 你如果能阅览全文的话十分建议去看看， 里面有各种 C 的简单 protocol、所需细胞量、解析度以及如何得到 data。 ※ 引述《tony51501 (x-ray)》之铭言： : 小弟在网路上爬文，大约了解这些相关的技术 : 但是如果再选用方法上面，会如何选用？ 除了 3C、4C、5C、Hi-C 外， 还有其他衍生的技术，如：ChIA-PET， 这些技术的用法也都有所不同， 3C 是 one to many， 你有一个目标 locus， 你想验证这个目标 locus 会和哪些你选定的 loci 有 interaction， 这种情况下才适合用 3C。 4C 是 one to all， 用一段选定的 locus 去找出所有和这段 locus 有 interaction 的对象， 如果你想找出会和选定的单一 locus 有 interaction 的 loci， 4C 是不错的选择。 5C 是 many to many， 用在你只想看你选定的一群 loci 之间彼此 interaction 的状况。 Hi-C 是 all to all， 就是去看整个细胞核中所有 loci 彼此之间的 interaction。 顺便提一下 ChIA-PET， 这个技术是指定一个蛋白质(通常是 transcriptional factor)， 找出由这个蛋白质所产生的所有 chromosome interaction。 : 3c是最早出来的技术，但感觉好像还是很多人再用3c它有什麽在技术上的优点或缺点吗？ 优点就是因为不用做高通量定序， 所以相对其他 C 十分的便宜， 而且只需要用 qPCR 就能快速得到结果， 所以得到 data 的速度最快， 灵敏度也很高。 缺点是只能 one to many， 只有在目标 locus 和对象都已知的情形下能用。 (如 β-globin 基因和它的 locus control region) : 那hi-c 是利用high throughput sequencing 多对多方式来找dna fragment序列，那它要 : 拿什麽sample来做？网路上的图好像是拿4c 5c 的sample，但是4c 5c的sample不是很少 : 吗？ 4C、5C、Hi-C 的 sample 多寡取决於你起始的细胞量， 只要一开始的细胞量够多， 就能得到不少的 library。 然後基本上， 除了 3C 外， 这是一个非常烧钱的实验！ 而且除了 3C 外都会动用的高通量定序， 资料分析也是个不小的问题...... --

※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc), 来自: 120.126.39.94 ※ 文章网址: https://webptt.com/cn.aspx?n=bbs/Biotech/M.1477493820.A.31D.html ※ 编辑: xxtomnyxx (120.126.39.94), 10/26/2016 23:06:50