作者Saber0217 (浜风 はまかぜ)
看板Biotech
标题[讨论] 蛋白质-受体部分结构分子动态模拟
时间Fri Feb 24 18:22:26 2017
版上各位前辈好
目前小弟主要做的题目是使用DS软体做小分子药物开发
前面的建模和筛资料库皆已完成
再来就是使用分子动态(MD)模拟来确认protein和筛出的ligand能稳定结合
不过最近去找教授的谈後续实验方法的时候
教授突然提到说可以去研究有没有方法
能只对该蛋白质上的已知活性区和ligand做MD
说是这样应该比较省时省效率
我比较好奇的是有这样的前例吗?
想请问版上有没有做类似模拟的前辈有看过相关的例子或是文献
以我目前看过关於MD的二三十篇文章
基本上都是用整个protein-ligand下去模拟
没看过只针对活性区的MD模拟
而且就逻辑上来讲仅对活性区做模拟
似乎有过於便宜行事的可能?
因为我所寻找的药物基本上只要能和单一key residue稳定生成氢键作用即可
但是protein六个支链的相对位置变动也可能会对ligand产生不同作用力影响才对?
因为教授基本上不会软体操作
都要自己去查文献和网路资料自学QQ
谢谢
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1F：推 Godkin: MD? 你们有足够的电脑可以跑吗？ 你们的蛋白质多大？ 02/25 22:13
Protein的话Total Structure Weight约4~5万
电脑部分大概用I7-6700 RAM 32GB下去跑
过去实验室学长是用一台约五六年前的Server(AMD CPU)下去跑
之前观察结果是速度慢的感人 远远不及目前使用中的桌机
但是采购新Server主要还是有经费相关的琐碎问题
所以打算硬着头皮用桌机跑
※ 编辑: Saber0217 (111.71.48.0), 02/28/2017 13:03:14
2F：推 Godkin: 其实现在的桌机也是很强大的啦，有GPU加速就不用担心了 02/28 16:59
3F：→ Godkin: 桌机的话强烈建议使用Gromacs 02/28 16:59
可惜我的是套装桌机 只有内显(摊手
我们实验室都是用discovery studio跑模拟
不过依然感谢推荐其他方式
※ 编辑: Saber0217 (111.71.48.0), 03/01/2017 02:19:14
※ 编辑: Saber0217 (111.71.48.0), 03/02/2017 09:44:26