※ 引述《Saber0217 (浜风 はまかぜ)》之铭言： : 版上各位前辈好 : 目前小弟主要做的题目是使用DS软体做小分子药物开发 : 前面的建模和筛资料库皆已完成 : 再来就是使用分子动态(MD)模拟来确认protein和筛出的ligand能稳定结合 : 不过最近去找教授的谈後续实验方法的时候 : 教授突然提到说可以去研究有没有方法 : 能只对该蛋白质上的已知活性区和ligand做MD : 说是这样应该比较省时省效率 : 我比较好奇的是有这样的前例吗? : 想请问版上有没有做类似模拟的前辈有看过相关的例子或是文献 : 以我目前看过关於MD的二三十篇文章 : 基本上都是用整个protein-ligand下去模拟 : 没看过只针对活性区的MD模拟 : 而且就逻辑上来讲仅对活性区做模拟 : 似乎有过於便宜行事的可能? : 因为我所寻找的药物基本上只要能和单一key residue稳定生成氢键作用即可 : 但是protein六个支链的相对位置变动也可能会对ligand产生不同作用力影响才对? : 因为教授基本上不会软体操作 : 都要自己去查文献和网路资料自学QQ : 谢谢 我来赚一下p币 你如果只想做active site对ligand的模拟不是不行 只是一定会被reviewer靠杯，反正有几分证据说几分话 我建议你多做几个系统 1. 单独protein 2. 单独active site 3. protein + ligand 4. active site + ligand 然後比较protein结构上的变化 只要你的结果可以宣称，active site的结构不会被protein其他的结构影响 active site的结构和整体的结构correlation很低 protein的结构相当rigid，也没有甚麽allosteric pathway effect 可能就可以只用active site + ligand 去做模拟 你ligand一定不是只有一个，看你要取比较有代表性的，或是取最难稳定的那种 这四个系统可能做一遍就够了 可是你的系统有100kDa，100kDa很大耶，超大的那种 这麽大的系统跟我说没有allosteric pathway我不太相信 我直觉觉得没办法只用active site+ligand下去算 然後可以顺便告诉我你用多大的water box去装，还有跑多少ns吗? --

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