谢谢大大的回覆 因为要回的东西有点多 所以就另外开一篇 首先我要道歉 关於我要做的protein分子量上次给错了 因为PDB上面给总分子量100kDa 但是那个档案里面包含两个极度相似的目标protein(差在水分子和一些离子) 以主要结构414胺基酸来看应该是40~50kDa 该protein共有六个TM domain active site坐落在靠膜外区的洞口底部 据我看过的paper 应该是有allosteric pathway effect 过去文献有一篇做5ns MD的结果就有显示胞外包内区都有明显结构变化 中间的active site附近区域则根据不同ligand有不同范围和区域的肉眼可视变化 另外就是有人做我要block的目标和该protein结合的MD 结果也是证明整个目标protein会有结构上的变化 老板推荐说只做active site可以省时间 不过我自己心里也挺怀疑的 因为我看题目相近的MD文献都是做整个 这东西又有六个跨膜区 active site又刚好最接近这六条TM的最收束区 如果要只做活性区MD 看ligand和protein的interaction 要说服人家接受这6TM相对位置不会因为其他部分位置改变而移动 感觉不太可能OTZ 我目前的做法是 Database>>LibDock>>CDOCKER>>ADMET&结构检查(19候选取最佳3)>>MD检查 我看有些paper是做完ADMET和结构检查完的结果就通通MD(以我的例子是19个MD) 不过我们实验室可能是受限於设备和时间 过往都是挑最佳两个去MD MD的相关设定可能会参考其他同主题paper 预计 water box是10Å 至於模拟时间 老板要求要20ns以上(上面那篇5ns被批的体无完肤XD) 不过根据paper 多数候选ligand要60ns左右平衡(该篇做100ns) 所以我也还在考虑到底要做多久的MD 因为如果光算一个就要一两个月<<我老板说过去大概要这麽久?? 就算我现在才硕一下 大概也只能做两个最多三个就差不多该写论文了XD 如果大大还有什麽建议或是想知道那些其他条件 都欢迎留言 --

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