作者Saber0217 (浜风 はまかぜ)
看板Biotech
标题Re: [讨论] 蛋白质-受体部分结构分子动态模拟
时间Thu Mar 2 13:32:58 2017
(原文恕吃光)
我的目标蛋白确实是跨膜蛋白<<脑中都只有自己的研究 忘记说明哪种蛋白
目标时阻挡体内一能和该跨膜蛋白结合而导致肿瘤的免疫微环境生成
来达到阻止癌症发展的疗效
做MD的目的主要是确认筛出的ligand能不能稳定咬住目标的关键残基
维持住CDOCKER结果所预测的该残基&ligand间的氢键
大大提到的implict water model在DS里似乎称为Implicit Solvent Model?
理论说明如下(from DS HELP):
Some of the implicit solvent models based on Generalized Born approximation,
such as GBIM and GBSW implemented in CHARMm, support the modeling of membrane
proteins.
DS内嵌六种模组可以选择 也有简单的差异描述
如果大大指的是这个 那我应该就是再仔细研究後挑适合的来用
Methods for estimating the electrostatic solvation energy G(elec)
1.Distance dependent dielectrics
2.Generalized Born with pairwise summation (GenBorn)
3.Generalized Born with Implicit Membrane (GBIM)
4.Generalized Born with Molecular Volume integration (GBMV)
5.Generalized Born with a simple switching (GBSW)
6.Poisson-Boltzmann equation with non-polar surface area (PBSA)
目标就先暂订做100ns 看花费时间再决定要展延到200ns或是减少要跑DS的候选
虽然老板只开20ns 不过我自己是希望花两年和国家计画税金弄的东西
多少能对人类有点贡献<<自我膨胀中
至於提到发paper
我老板已经升到教授了并没有要求硕班要发paper
(除非我签博 这项研究划入博班研究大概就要发 算毕业条件之一)
至於前辈建议的和别的实验室合作 这恐怕就不是我能置喙的了(苦笑
如果要花钱找合作 我老板说不定可能宁愿给个十万叫我去光华组一台好电脑回来算XD
对了 方便询问一下前辈大略的学术背景吗?
因为我这样比较好在meeting上游说老板
老板作风比较老派 学生如果只说消息来源是wiki/google/PTT都会被钉在墙上QQ
万分感谢
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1F：推 tsungjen: 靠你居然要人在网路上自爆，这太为难我了 03/02 13:51
2F：→ tsungjen: 我的老师是美国NIH下面national cancer institue的PI 03/02 13:53
3F：→ tsungjen: 我虽然满废的，不过我对我师门的训练还算有信心 03/02 13:54
4F：→ tsungjen: 我觉得买电脑是个好主意，你先买张双CPU主机板 03/02 13:55
5F：→ tsungjen: 再买两张xeon最强2695和一张NV1080显卡 03/02 13:56
6F：→ tsungjen: 不要说跑100ns，一个月跑两三百都没问题啦 03/02 13:57
啊 如果造成你困扰真是万分不好意思
不过你开的这单 大概要15~20万起跳吧XDDD
总之万分感谢前辈的建议
※ 编辑: Saber0217 (111.71.48.0), 03/02/2017 14:46:34
7F：推 tsungjen: 不用客气，大家切磋切磋，这礼拜又有钱可以赌博了 03/03 04:55