作者wingthink (苍天的巴尔孟克)
看板Biotech
标题[求救] 能预测DNA BS序列的网站
时间Mon Mar 27 16:29:37 2017
小弟最近收到BOSS的一个命令
是要寻找某protein在miRNA gene上是否有Binding site
然後找厂商将这段序列设计成luciferase repoter
我从human, rat, mouse都找不到此protein在这miRNA gene上有Binding site
将近崩溃的情况下，从JASPAR网站发现有可以直接找protein Binding site sequence
的功能
大吃一惊下去搜寻....结果只有果蝇上有 QQ
不知道各位大大有没有推荐像这样从Transcription factor去找binding stie sequence
的网站可用?
p.s 小弟是从ensembl找到miRNA的整段序列(包含EXON INTRON)，接着把序列贴上JASPAR &
AliBaba 2.1，还有ALFGGE PROMO
三个找TFBS的网站，但是都没有我想要的结果
p.s.2 不打上protein跟miRNA名称是怕被大大误以为工作不自己做。
造成阅读上不便，请见谅
--
→ wwwea:真是 你都作弄五楼
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc), 来自: 117.19.178.102
※ 文章网址: https://webptt.com/cn.aspx?n=bbs/Biotech/M.1490603379.A.32B.html
1F：→ blence: protein跟miRNA不打没关系,但BS是什麽应该打一下 03/27 16:33
sorry,我以为讲到Transcription factor,打BS大家就会懂是binding site
※ 编辑: wingthink (117.19.178.102), 03/27/2017 16:42:59
2F：推 egoweaver: 个人感觉上，原po要不要确认一下老板要的是什麽呢？一 03/27 17:03
3F：→ egoweaver: 般miRNA luciferase assay指的是把被miRNA target的mRN 03/27 17:03
4F：→ egoweaver: A序列(通常是3‘ utr)放到luciferase的3’ utr，再以lu 03/27 17:03
5F：→ egoweaver: ciferase activity来判断miRNA是否针对该序列有抑制效 03/27 17:03
6F：→ egoweaver: 果喔。 03/27 17:03
7F：→ egoweaver: 这个目的的话用TargetScan就可以了 03/27 17:04
大大您好，已经跟老板确认过了
他是想知道这个Transcription factor binding site是否存在miRNA的promoter上
8F：推 Ianthegood: miRNA是post transcriptional而不是post translationa 03/27 17:19
9F：→ Ianthegood: l吧? 03/27 17:19
我以为这跟我的问题没有关联，不知道大大所指的意思是?
10F：推 Godkin: 你是指Ago protein? 03/27 19:55
其实就是一般Transcription factor protein，老板想知道这个protein是否会影响miRNA的
产生
11F：推 jabari: backstab? 03/27 19:59
请问大大这是甚麽意思? 不好意思，小弟在这部分的知识可能不太足，请大大见谅
※ 编辑: wingthink (117.19.178.102), 03/27/2017 20:07:04
※ 编辑: wingthink (117.19.178.102), 03/27/2017 20:12:26
12F：推 huuban: 直接找该转录因子的功能监定paper呢? 03/27 20:57
这我有去找，但顶多找到该TF对某些protein&miR有影响，不知道是我关键字打错
还是真的目前都没人做到这块
→
blence: 已经排除这不是intronic miR吗? 找厂商做是Lab缺乏技术? 03/27 20:57
13F：→ blence: 是protein(TF)与miRNA已知,想建立调控关联? 物种是? 03/27 20:57
14F：→ blence: 以一般Lab操作,当protein(TF)与目标基因是已知,就不太需要 03/27 21:06
15F：→ blence: 花时间预测了,直接接serial construct看能不能被protein影 03/27 21:07
16F：→ blence: 响即可,毕竟在两个都已知时,就算预测不如意,实验也是要试 03/27 21:10
BOSS的想法是参考Nat Med. 2012 Jul;18(7):1077-86. doi: 10.1038/nm.2815.
这篇PAPER，此篇是预测了NFkB在miR-23b gene上的binding site，然後去测试
IL10对其有无影响
因此需要BS sequence
17F：→ Ianthegood: 你是要找miRNA gene上的binding site还是miRNA上的bin 03/27 21:18
18F：→ Ianthegood: ding site?? 03/27 21:18
要找miRNA gene上的binding site
19F：推 chou0315: 有点看不懂。如果你想找miRNA "Promoter"上是否有某蛋 03/28 01:53
20F：→ chou0315: 白的binding site，为何拿intron/exon序列去找？应该是 03/28 01:53
21F：→ chou0315: 用promoter序列才对吧？ 03/28 01:53
我是直接把Ensembl所得的sequence整个贴上去搜寻，因为一开始只拿起始点前的序列
结果都没有，後来乾脆全部搜寻看看
22F：推 egoweaver: 要找已知TF是不是会bind的话做ChIP-qPCR或捞ChIP-seq 03/28 03:18
23F：→ egoweaver: 但你即使找到TF binding site clone出来做reporter也不 03/28 03:19
24F：→ egoweaver: 一定specific，细胞实验的话要不要直接KI LacZ或GFP算 03/28 03:19
25F：→ egoweaver: 了…… 03/28 03:19
26F：推 egoweaver: 是说单要找有没有binding直接到GEO dataset下你的TF当 03/28 03:22
27F：→ egoweaver: 关键字多半有人做过，不过这离reporter还有一段距离就 03/28 03:22
28F：→ egoweaver: 是了 03/28 03:22
这只能碰碰运气了，目前是要先想办法找出BOSS想要的东西，之後再说
※ 编辑: wingthink (117.19.178.102), 03/28/2017 07:58:54
29F：推 chou0315: 赞成egoweaver大的建议。 03/28 07:54
※ 编辑: wingthink (117.19.178.102), 03/28/2017 07:59:43
30F：→ blence: 我觉得你的想法不对,该paper会先知道该seq有reporter活性 03/28 10:10
31F：→ blence: 才会去预测TFBS以及突变;可是你们应该还没测过reportr活性 03/28 10:14
32F：→ blence: 而且就算没有直接的TFBS,还有也有间接的cofactor BS可试 03/28 10:20
33F：→ wingthink: 这是BOSS的想法啦，我只是照他指示去做，而且该PROTEIN 03/28 15:22
34F：→ wingthink: 好像是最近几年才比较多人研究的样子，很少有这方面的 03/28 15:22
35F：→ wingthink: 资讯 03/28 15:22
36F：→ Ianthegood: 就跟boss讲没有binding site啊 不要cherrypick 03/28 19:40