作者William8182 (威廉)
看板Biotech
标题[求救] GROMACS问题请教
时间Sun May 7 20:24:04 2017
本人接触gromacs的经验不算很多，若问题太基本还请见谅><
最近在用gromacs 4.5.3 跑蛋白质的mds
而在我要用pdb2gmx为蛋白质过力场的时候，出现了以下error:
Fatal error:
Atom OXT in residue SER 173 was not found in rtp entry SER
with 8 atoms while sorting atoms.
照以上叙述来看，原先我的理解是，
我要过力场的pdb档案在residue 173有个原子的类型OXT并未包含在
我选用的力场GROMACS96 45a3 force field里面
所以我应该只要把pdb档里出现OXT处进行修改或删除应该就可以了
然而，在我检查我的pdb档案中时，却未发现任何OXT的影子
这让我有点无从下手
找了相关的国外网站发现其实也有其他人碰类似问题，但都在讨论之
後没有下文
还拜托板上的GROMACS高手帮帮忙了><
另外我也想请问如果要看rtp档的话该去哪里看呢?
以前对此档案类型不甚熟悉，只知道他有包含到residue的一些参数
但想说问题会不会是出在这里，也麻烦大家了十分感谢!
第一次在这里发文，如有不妥还请见谅，资讯或有提供不足也麻烦再
跟我说我再立即补上!
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1F：推 tsungjen: OXT是指C terminus最後的的那个O吧05/07 22:29
2F：→ tsungjen: 你是不是要在产生psf的时候告诉他最後一个RESID是CTER05/07 22:31
3F：推 tsungjen: 阿其实我也不太懂, gromacs好像不用这麽麻烦, 抱歉抱歉05/07 22:37
其实我跑的这个蛋白质是一个Dimer，由两个有173的residue的残基所组成，所以这样来
看的话173的确是C-terminus,不晓得这跟您说的是否有关?><小弟跑gromacs经验不多还请
见
4F：→ Godkin: 你应该是要看那个OTX可以对应到force field描述档中05/08 01:41
5F：→ Godkin: 的哪一种O，再把OTX改换成那种描述就可以了05/08 01:41
6F：→ Godkin: 是说现在不是都出到5.3版了吗？ 怎麽还在用4.5?05/08 01:42
7F：→ Godkin: 更正是5.105/08 01:43
8F：→ Godkin: rtp要去安装gromacs的目录里头找, 不过你需要的可能只是05/08 01:44
9F：→ Godkin: 找.atp档而已05/08 01:44
不好意思想请问G大所谓force field 的描述档就是atp档吗，还是是其他的档案呢？另外
请
atp档也是在安装目录里面才有吗?因为我刚刚找没有找到(不知道是不是找的方式不对><
※ 编辑: William8182 (1.34.243.245), 05/08/2017 11:17:23
※ 编辑: William8182 (223.137.48.10), 05/08/2017 11:19:00
10F：推 tsungjen: 格空抓药太困难了, 我再猜一下, 你是不是把dimer放在同 05/08 12:28
11F：→ tsungjen: 一个pdb里面, 我记得要分开处理 05/08 12:29
12F：推 tsungjen: 可以google gromacs multiple proteins 应该可以解决 05/08 12:50
14F：→ William8182: 十分感谢楼上两位!後来我有解决了，解决方式是我把di 05/09 00:20
15F：→ William8182: mer的两个蛋白质分开成两链，所以gromacs不会因此认 05/09 00:20
16F：→ William8182: 定在terminus(173的位置)的O需要是OXT，也因此就没 05/09 00:20
17F：→ William8182: 有error了 05/09 00:20