作者tanya1993 (帮帮)
看板Biotech
标题[求救] pTWIN1/nruI,bamHI设计primer
时间Tue Sep 5 15:05:58 2017
想请问一下
因为想使用ptwin1的CBD-Ssp DnaB INT做纯化蛋白
但现在在设计引子，设计後觉得引子有点长，R-primer和F-primer的Tm差有点大，想问一
下，我这样设计到底可不可行。
F-primer(nruI) Tm76
5’- GTC GCG AAT GAC ATC ATT GTA CAC AAC *GGC CGG GCG GGC CGC TTG AAG AAG* -3'
R-primer(bamHI) Tm63
5’- CGC GGA TCC TTA *TCT TCC TAG TGC CTG* -3’
(*为target protein 序列*)
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1F：→ blence: 设计成这样总有理由,是什麽？ 09/05 15:30
2F：→ e104582001: 1.一般来说要加上切位的话不会额外多加那麽多mer 09/05 16:26
3F：→ e104582001: 我自己经验是依不同的enzyme会外加2~4个mer而已 09/05 16:26
4F：→ e104582001: 若没有特殊功能，F的7~27bp有什麽特殊的意义吗? 09/05 16:28
5F：→ e104582001: 我平均设计约18(CDS)+8(Cutting site+额外保护用)而已 09/05 16:29
6F：→ e104582001: 再依据CG%调整总长度 09/05 16:30
7F：→ tanya1993: F-primer的部分GTC GCG AAT GAC ATC ATT GTA CAC AAC ( 09/06 11:53
8F：→ tanya1993: 是部分intein包含nruI)後端GGC CGG GCG GGC CGC TTG AA 09/06 11:53
9F：→ tanya1993: G AAG是GRA+target protein 09/06 11:53
10F：→ blence: 一定要加GRA的话,也可以直接用MCS的NcoI+target gene就好 09/06 19:00
11F：→ blence: 要是完全不要NcoI的ATG,那也可以设计SapI,不一定要NruI 09/06 19:01
12F：→ blence: 只是SapI比NruI贵,虽然这麽长的primer也需要多花纯化的钱 09/06 19:04
13F：→ blence: 不过如果gene已经在plasmid上,primer随便订也不担心P不出 09/06 19:07