作者wy90241 (wy90241)
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标题[求救] RNA seq DEG分析
时间Mon Dec 25 23:32:37 2017
大家好最近在分析转录体资料有一些疑问
实验室之前有做RNA-seq，留下了database
物种为没有reference genome的鱼类，实验流程为
sequencin >> De novo assembly(trinity) >> Bowtie2跟RSEM进行定量
目前想从资料库捞某几个有兴趣的基因，看表现量上的差异
但分析後发现，同一个annotation的结果会对应到不只一个unigene
上网爬文有找到别人也有类似的问题
https://www.google.com.tw/amp/s/www.researchgate.net/post/Why_do_I_get_multipl
e_contigs_with_same_annotation_in_transcriptome_analysis/amp
讨论串的回覆是有可能为isoforms，或来自同个基因的不同片段
可以用软体的方式来解决这个问题。
我的问题是：
1.可以取片段长度最长unigene当作代表吗?
2.是否一定要用其他软体分析?
我是觉得利用其他软体进行分析(目前知到的有Corset)会比较好
但目前无法独自完成
不知道大家有没有甚麽建议或是其他办法
目前对生物资讯还不太熟，再请大家不吝指正
非常感谢!
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc), 来自: 140.121.71.219
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※ 编辑: wy90241 (140.121.71.219), 12/25/2017 23:33:42
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※ 编辑: wy90241 (140.121.71.219), 12/25/2017 23:36:10
※ 编辑: wy90241 (140.121.71.219), 12/25/2017 23:36:35
1F：推 lelojack: 可能是isoform/gene duplication, 生物资讯是一种分析 12/26 07:49
2F：→ lelojack: 策略，在genome未知之前，软体跟挑选策略都是间接证据 12/26 07:49
3F：推 lelojack: 所以论文都不会讲怎麽挑选，因为讲明了只会制造更多纷 12/26 07:53
4F：→ lelojack: 争，倒不如用其他证据证明挑的是正确 12/26 07:53
5F：推 lelojack: 1.用片段最长的当代表是常用的做法, 只要後续的实验或 12/26 21:27
6F：→ lelojack: 推论合理即可 2.在Genome未知的状况下，没有软体可以 12/26 21:27
7F：→ lelojack: 提供正确答案 12/26 21:27
8F：→ wy90241: 了解，感谢L大的建议与讨论! 12/27 00:02
9F：→ wy90241: 就想说奇怪，看了好几篇论文怎麽都没说是用什麽来当判定 12/27 00:05
10F：→ wy90241: 的标准，感谢解惑！ 12/27 00:05