作者SONIC9 (色狼)
看板Biotech
标题[讨论] 定序後发现许多变异硷基
时间Wed Jan 17 23:36:01 2018
我将病毒的PCR产物送定序後，第一次定序的结果生技公司回报为
[有杂讯]
打开定序的讯号图後，果然在几个地方都有一些杂讯
让人不是很确定那个位置应该要是哪一种硷基
於是再次增幅并切胶後再送一次定序
虽然生技公司不再回报有杂讯
但是仔细检查在相同的位置仍然出现了几乎同样的暧昧讯号
因此我怀疑这恐怕不是杂讯
而是我所夹取的位置在该样本中就是有一些变异存在
也许是有不同变异型的病毒感染同一个体
我的问题是
我的研究是要尝试以这个基因位置为标的来绘制这类病毒的演化树
使用的软体是MEGA及BioEdit
目前猜测BioEdit进行序列比对时应该可以接受变动硷基
但我不知道对MEGA绘制演化树会否造成问题呢?
先感谢各位大大
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1F：推 ernielwl: 用PCR定序不准就做个cloning拿去定序吧 01/18 12:48
2F：→ ernielwl: 多定个3,4条看看可以确认你那些snp有几种型 01/18 12:49
3F：→ ernielwl: 再拿这几条做alignmen後用Mega画树,不会有什麽问题 01/18 12:51