作者: Ringningbell (Lilisa) 看板: Chemistry 标题: AMBER MD 蛋白质结构总是散开 时间: Mon Jul 3 22:23:52 2017 请问有没有人知道 使用AMBER进行动态模拟计算时 在升温过程中蛋白质结构(Helix)总是会整个散开来 我是用50度为一个级距升温从 0K 到 300K Stage 1 heating of TC5b 0 to 50K &cntrl imin=0, irest=0, ntx=1, nstlim=5000, dt=0.0005, ntc=2, ntf=2, ntt=1, tautp=1.0, tempi=0.0, temp0=50.0, ntpr=50, ntwx=50, ntb=0, igb=1, cut=999.,rgbmax=999. 有没有办法可以温和的升温不要让结构散掉呢 谢谢 --

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