可以佐证笨港毁灭论是否属实的碑文还有另一块 现存於笨南港水仙宫的 「重建笨南港水仙宫碑记」此碑记雕於清道光30年 内容记述到嘉庆年间发生水患，因而将位处於笨南港的水仙宫、协天宫双双冲毁 後於嘉庆十九年重建新庙，後再因为风雨剥蚀，而原址基地又渐渐有淹水的危险 才於道光28年到30年重新建庙，而特别描述笨港三郊出力甚多 (泉州郊金合顺、厦门郊金正顺、龙江郊金晋顺 三者皆为笨北港郊商)。 此为嘉庆年间发生水患的有力证据，然而目前的文献与碑记，却没有提到天妃庙被毁 而碑文後方所罗列的捐献单位，反倒是间接证明了当年的水患并未造成笨北港街的重大损害 根据蔡相煇的研究 碑文上各地区舖户的捐银统计 朴树街捐款商号20，共捐银228元。 (今朴子市) 新南港街捐款商号18，共捐银205元。(今新港市区) 旧南港街捐款商号11，共银66元。 (今新港乡南港村) 笨北港街捐款商号82，共捐银487元。(今北港市区) 水仙宫建於笨港溪畔南岸的笨南港街， 新南港与旧南港商号对自己辖境的神庙捐款应该最踊跃， 但二者捐款总数约仅为笨北港五成五（205+66/487=55.6%）， 显示嘉庆、道光年间的笨港重心在北港。 而不是如笨港毁灭论所说的，整个笨港已经消失於现今的北港溪河床当中 实际上根据乾隆年间的古地契，以及续修台湾府志等文献 北港、南港这地名早已出现并陈， 并不是因为北港溪改道将笨港一分为二 而古地图上所标示的妈祖宫皆在北岸， 配合实际的卫星地图、日治时代的台湾堡图来观察， 可以发现朝天宫的位置正好在北港溪河道的堆积坡， 而对面的南港河岸正是河川的攻击坡，因此水患多发生在南港 日治时期北港溪还有改道过一次 现在的北港武德宫与北港镇公所都在原先的旧河道之上， 但河道都在朝天宫周围拐了一个大弯流过，显示庙宇位置地势较高河水无法冲过堤岸 就清代的古文献、古地图、碑记以及现代的地理学来观察 实际上笨港遭受水患最严重的是笨南港， 北港也许有灾情但不严重，因而能维持住商业的机能 而朝天宫地理上盖在河畔的高处，庙内的古文物保存良好且完整 根据这些理由，可以让人相信笨港天妃庙=北港朝天宫。 --

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