作者sean791121 (尚恩)
看板MATLAB
标题[讨论] 请问有没有比较快的写法
时间Thu May 28 23:31:39 2015
indx是一个index的向量，A和B是矩阵，我想把B中的某些元素放到A内
举例来说:
for i = 2:10000
A(idx(i),idx(1:i-1))=B(idx(i),idx(1:i-1))
end
请问有比较快的写法吗?
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1F：→ sean791121: 因为回圈内的每一圈都处理不同大小的空间，所以不行用 05/28 23:34
2F：→ sean791121: parfor 求比较快的方法 05/28 23:34
3F：推 sunev: sub2ind 05/28 23:59
4F：→ sean791121: 意思是用两层for然後用sub2ind找位置吗? 05/29 00:33
5F：→ sean791121: 其实用一层loop也可以，我加速了快两倍，可是和预期 05/29 00:45
6F：→ sean791121: 的速度还是有落差，请问还有更快的写法吗? 05/29 00:45
7F：→ celestialgod: 我测试了一下，A,B如果都是两万乘两万的矩阵 05/29 00:56
8F：→ celestialgod: idx是长度10000，也只要2.345秒而已 05/29 00:57
9F：→ celestialgod: 这样还是不够快吗？ 05/29 00:57
10F：→ sean791121: cpu是i5 跑出来大概1.X秒 05/29 01:26
11F：→ sean791121: 看文献 Pentium 4 跑这段code再加上很多有的没的 1秒 05/29 01:27
12F：→ sean791121: 我猜文献应该有用更快的方法 or我的演算法太烂了 05/29 01:28
13F：→ sean791121: 对不起，忘记说明A和B都是sparse的 05/29 01:29
14F：→ sean791121: A(sub_index)=B(sub_index)是不是比较慢呢? 05/29 01:30
15F：→ sean791121: 因为matlab建议使用sparse(I,J,V,m,m) 05/29 01:31
16F：→ celestialgod: 文献也是用MATLAB? 而且你矩阵大小多少? 05/29 02:16
19F：→ celestialgod: 我稍微试了一下，回圈应该是MATLAB中最快的了 05/29 03:41
20F：→ celestialgod: 要再加速就要靠MEX了，还不能复制input才做得到 05/29 03:41
21F：→ celestialgod: 环境: MATLAB 2015a, windows 7 64bit, 05/29 03:42
23F：→ sean791121: 文献也是用MATLAB，我的矩阵5000乘5000 05/29 05:18
24F：→ sean791121: 谢谢你提供方法，我会研究一下的 05/29 05:18
25F：→ sean791121: 想请问您 为什麽matlab的速度会与C差这麽多? 05/29 05:22
26F：→ sean791121: 因为MATLAB都会先判断一些性质(矩阵、函数)的关系吗? 05/29 05:23
27F：→ sean791121: 对不起，我跑你的C++档会出现bug，code没问题呀XD 05/29 06:08
28F：推 sunev: celestialgod太厉害了，可以想出这麽多写法。 05/29 09:21
29F：→ sunev: 我实际用c大给的code稍稍profile了一下。发现实际做出idx的 05/29 09:22
30F：→ sunev: 方法(2~4)，其实在真正assign的那行A(idx)=B(idx)并没有比 05/29 09:23
31F：→ sunev: 回圈省下太多时间，所以算出idx的时间成本反而盖过了直接 05/29 09:24
32F：→ sunev: assign的效益。 05/29 09:24
33F：→ sunev: 另外method 3中，应为triu(....,1)，下面的 2:end可以去掉 05/29 09:26
34F：→ celestialgod: 我昨天没有想到一个可以直接产生idx的方法 05/29 09:27
35F：→ sunev: 如果把(idx3>0)改成triu(true(mat_size,mat_size),1)会快 05/29 09:27
36F：→ sunev: 一点，但仍比不上回圈。 05/29 09:28
37F：推 celestialgod: 我等等试试看，感谢 05/29 09:29
38F：→ sunev: 另外我的经验是，sparse在这种大量不规则assign的情况下 05/29 09:30
39F：→ celestialgod: 原PO，我的c code，自己跑是没问题的，我编译的指令 05/29 09:31
40F：→ celestialgod: 也在上面，你可能需要再研究一下。 05/29 09:31
41F：→ sunev: 速度是慢了点，因为要一直改non-zero element很麻烦。 05/29 09:32
42F：→ sunev: 所以官方才会建议用sparse一起解决。 05/29 09:33
43F：→ celestialgod: 这里sparse matrix不会比较快 05/29 09:34
44F：→ celestialgod: 原po, c的速度会快本来就不意外..... 05/29 09:36
45F：推 celestialgod: 这题只要想到怎样产生(1, 1, 2, 1, 2, 3, 1, 2, 3, 05/29 09:38
46F：→ celestialgod: 4, 1, 2, 3, 4, 5,... )的方法就会很快(不用矩阵 05/29 09:38
47F：→ celestialgod: 取上三角... 这个会用到太多记忆体还是会慢) 05/29 09:38
48F：推 sunev: 没错，不过true只要1byte，所以还好。XD 05/29 09:55
49F：推 sunev: 刚发现不错的写法 05/29 10:43
50F：→ sunev: A(idx,idx)=tril(B(idx,idx),-1)+triu(A(idx,idx)); 05/29 10:43
51F：→ sunev: 但如果idx很大，B(idx,idx)这个sparse有可能会吃很多记忆体 05/29 10:44
52F：→ celestialgod: 我测试的结果是assign反而比较久 05/29 10:57
53F：→ celestialgod: 我算idx的时间大概0.5秒，assign要花2.1秒 05/29 10:57
54F：→ celestialgod: 我也试着用gpuArray去算idx，但是还是卡在assign 05/29 10:59
55F：推 sunev: 你矩阵是5000*5000，idx长度是10000吗？ 05/29 11:04
56F：→ sunev: 这样你矩阵还会是 "sparse" 吗? 05/29 11:04
57F：→ celestialgod: 5000*5000, 10000也只占0.04%..不过我用15000*15000 05/29 11:08
58F：→ celestialgod: 我错了XD，idx长度10000，要改将近5000万个值 05/29 11:10
59F：推 sunev: 我是问原作者啦。不确定他想加速到什麽程度，所以想确定 05/29 11:12
60F：→ sunev: 问题的size 05/29 11:12
61F：→ celestialgod: 刚刚有发现XDD 05/29 11:13
62F：→ celestialgod: 如果assign的成本比算idx的成本还贵，这问题无解 05/29 11:14
63F：→ celestialgod: 只能用C去更动矩阵的值才会快上不少 05/29 11:14
64F：推 sunev: 再回楼上，我的意思不是assign比算idx久，而是一行assign 05/29 11:15
65F：→ sunev: 比回圈assign省不了多少时间，而算idx会超过省下的时间。 05/29 11:16
66F：→ celestialgod: 喔喔，我懂了 05/29 11:17
67F：→ celestialgod: 一行assign省下的时间没有比算idx的时间短 05/29 11:18
68F：→ sean791121: 对不起，K大概4800，谢谢两位的帮忙 05/29 12:54