作者tear2001 ( Play ball !!)
看板perl
标题[请益] 打开档案作样式比对
时间Wed Feb 28 12:43:20 2007
冒昧问一个问题 由於小弟是新手中的新手 太笨的话各位别生气 Q_Q
目前我写出一个比对用的script
才再测试阶段 但是不管怎麽比对都....orz
$File = $ARGV[0];
open( FHD, $File ) || die "$!\n"; #打开档案为唯读型式
foreach $line (<FHD>) {
if( $line =~ m/"Mycoplasma pneumoniae M129"\i/ ) {
#对打开的档案内容和
Mycoplasma pneumoniae M129 进行比对
print "bingo";
}
else {
print "fuck";
}
}
#比对成功则印出bingo 不然就fuck
我输入的档案长的是这样子:
Query= gi|12045217|ref|NP_073028.1| acetate/propionate kinase
[Mycoplasma genitalium G37]
(393 letters)
Database: refseq_gn
1,370,603 sequences; 432,705,335 total letters
Searching..................................................done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
acetate/propionate kinase [
Mycoplasma pneumoniae M129] 600 e-170
acetate/propionate kinase [Mycoplasma gallisepticum R] 425 e-118
acetate/propionate kinase [Mycoplasma penetrans HF-2] 356 3e-097
acetate kinase [Mycoplasma mycoides subsp. mycoides SC str. PG1] 316 3e-085
acetate kinase [Mesoplasma florum L1] 315 8e-085
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我原本预计会出现bingo的....但是却.......一直fuck....orz
实在找不差哪里错的 应该是我的脑子吧orz
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