※ 引述《sqrt1089 (李崩子)》之铭言： : 如题 : 数据: : 10 100 300 5000 : 25 100 300 5000 : 3 100 300 5000 : 59 100 300 5000 : 46 100 300 5000 : .... : ... : .. : . : 意思是说一个袋子里全部有5000颗球，有300颗是白球，其它4700颗是黑球 : 我一次取100颗出来观察，取n次，(n大概100次左右)。 : 第一次有10颗白球；第二次有25颗白球；第三次取到3颗，第四次取到59颗，...X100次 : 原本是有找到一个套件:use Math::GSL::Randist qw/:all/; : $p = gsl_ran_hypergeometric($r, $n1, $n2, $t); : 但这个模组一直灌不起来。 : 最後改用:use Statistics::R; : 但是去测试後发现好慢，原因是 我一次丢四个数字给他， : 他回传一个 P_VALUE (或是 1- P_VALUE) 回来 : 假设我取 n 次，就会丢 n 次的 四个数字给副程式 : 这样的话 副程式 就做了N次的开档关档的工作。<<<原因就是出在这 : 有什麽办法可以改善呢？谢谢。 : #### : 程式码如下： : open (FH,"test.txt")||die";#test.txt 就是 约100X4的数据如最上面 : while(<FH>){ : chomp; : .. : . : $pvalue = &hypergeometric($get,$input,$included,$total); : print $pvalue; : } : sub hypergeometric { : my $common = shift; : $common_gene -= 1; : my $g1 = shift; : my $g2 = shift; : my $whole = shift; : my $no_g1 = $whole - $g1; : my $R = Statistics::R->new(); : $R->startR; : $R->send(qq` : x <- 0:$common; N1 <- $g1 \n : N2 <- $no_g1; n <- $g2 \n : ans=cumsum(dhyper(x,N1,N2,n)) \n : print(ans) : `); : my $result = $R->read; : my @value = split " ", $result; : my $last_value = pop @value; : my $ans = 1-$last_value; : $R->stopR(); : return $ans; : } 感觉写的很模糊 所以也没办法答的很清楚 现在假设你是要用t-test来求p-value好了 也许你可以尝试一些比较专门的统计模组 http://search.cpan.org/~yunfang/Statistics-TTest-1.1.0/TTest.pm http://search.cpan.org/~swansun/Statistics-Distributions-Analyze-0.01 /lib/Statistics/Distributions/Analyze.pm http://search.cpan.org/~mglee/Statistics-DependantTTest-0.03/DependantTTest.pm http://search.cpan.org/~maggiexyz/PDL-Stats-0.5.5/Basic/stats_basic.pp 看你目前写的程式码 应该是使用R的interface跟perl做连结 如果很坚持要这麽使用 那就只好修改你send的指令 然後在传回perl做处理 不过如果你真的有这本事 我想直接用R处理会比较快 要不然就多开几个执行绪平行跑吧 反正你每次实验都是一个独立的个体 -- 如果青春注定要向前跑 他妈的...那我的出口在那? --

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