作者BENNY49 (班尼49)
看板R_Language
标题[问题] heatmap固定颜色区间
时间Thu Mar 24 02:55:12 2016
[问题类型]:
程式谘询(我想用R 做某件事情，但是我不知道要怎麽用R 写出来)
[软体熟悉度]:
请把以下不需要的部份删除
入门(写过其他程式，只是对语法不熟悉)
[问题叙述]:
我有两个矩阵想做heapmap,是用pheatmap来做,想把其中的预设颜色区间复制
给另一个矩阵使用,也就是希望两个矩阵值-0.3到0.3有一样的颜色,不因极值不同
而颜色跑掉,目前两个图用相同颜色区间我能做了,想问的是pheatmap的预设
颜色区间写法
想要的颜色：http://imgur.com/XTCOFtd
自己做的不满意：http://imgur.com/vA4vA0A
感谢版友先进不吝赐教 谢谢！
[程式范例]:
以下是自己的写法 求改进
library(pheatmap)
bk <- c(seq(-0.4, -0.005, length=99), 0, seq(0.005, 0.4, length=100))
col1 <- colorRampPalette(c("blue", 'white'))(99)
col2 <- "white"
col3 <- colorRampPalette(c("white", "red"))(101)
colors <- c(col1, col2, col3)
pheatmap(matrix(sample(seq(-0.4,0.4,0.01),1e2,replace = T),nrow=10,ncol=10),
color=colors,
breaks=bk,
scale="none",
cluster_rows=F,
cluster_cols=F)
[关键字]:
heatmap, color interval
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※ 编辑: BENNY49 (182.235.107.180), 03/24/2016 02:55:47
1F：→ cywhale: 就多塞一些color code 不要直接写 white, blue in color1 03/24 09:43
2F：→ cywhale: 比如col1 <- colorRampPalette(c("#E6550D","#FEED30", 03/24 09:43
3F：→ cywhale: ,'#FFFFE0'),alpha=0.8)(99) .. color3 blue 也改掉 03/24 09:45
4F：→ cywhale: 如 (c("white", "#4292C6"),alpha=0.8).. 看起来像一些 03/24 09:46
5F：→ BENNY49: 感谢 好很多了^^ 03/24 15:59