※ 引述《pk790127 (<>)》之铭言： : [问题类型]: : [软体熟悉度]: : 使用者(已经有用R 做过不少作品) : 算是有学了一阵子,但感觉程式逻辑还是很差 : [问题叙述]: : [关键字]: dtw , 距离矩阵 ,两两比较 : 以上 就是我的问题叙述,不晓得有没有表达清楚 : 基本上就是多层回圈太慢了,我也正在尝试使用lapply家族进行运算 : 谢谢~~ 回应自己的问题,板友提出我的问题瓶颈不在於矩阵填值的部份,在於我修改的演算法上 实际上,我修改了dtw套件当中的dtw的函式,把权重的概念加进去 我测试了同笔资料用於原始dtw函式与我修改後的dtw(kai_dtw)函式去做运算时间的比较 果真...差了6秒多,问题在於我修改的函式!! (非常感谢两位版友) dtw的程式码如下,我尽截录我修改的部份,只有增加一个矩阵并做相乘 lm <- NULL if (is.null(y)) { if (!is.matrix(x)) stop("Single argument requires a global cost matrix") lm <- x } else if (is.character(dist.method)) { x <- as.matrix(x) y <- as.matrix(y) lm <- proxy::dist(x, y, method = dist.method) #lm x,y 距离矩阵 lm.v<- as.vector(lm) #转成vector# weight<-vector() #weight function# for(i in lm.v){ tmp<-logisticWeight(i,median(lm.v),g) weight<-c(weight,tmp) } lm.v_weight <- lm.v*weight #相乘# lm<-matrix(lm.v_weight ,length(x),length(y)) #转回矩阵# } else if (is.function(dist.method)) { stop("Unimplemented") } . . . 红色表示我新增的部份,原始程式码下面还有很多,但我直接省略 在原始function中填入x与y目的是要计算距离矩阵lm 我先将它转成vector的形式,并且利用logisticWeight函式(自己写的公式) 并搭配for回圈逐一的给予Weight(vector的形式),再将lm.v与weight相乘 最後再转成适当大小矩阵。 简单来说,原先是矩阵,我运算完(乘上weight)後转回矩阵,让它做DTW的运算 logisticWeight函式内容,仅是一般的S形函数 logisticWeight <- function(i,mc,g){ 1 / (1 + exp(-g * (i - mc ))) } 我想我应该要优化它赋与权重与相乘的动作,才能达到我降低运算时间的需求 谢谢~ 小试了一下,将for loop改成用apply家族,大大改善运算效率 (应该没有错吧!?) weight<-vector() #weight function# for(i in lm.v){ tmp<-logisticWeight(i,median(lm.v),0.05) weight<-c(weight,tm) } 改成 tmp<-sapply(1,function(x){logisticWeight(lm.v,median(lm.v),0.05)}) weight<- as.vector(tmp) --

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